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installation isis sur cluster
by Bastien Preuss 12 Apr '10

12 Apr '10

Bonjour, Une question pour Eric ! Nous avons installé ISIS sur le cluster ainsi que jre, mais il semble y avoir des problèmes de chemin. Nous avons essayé de rajouter une ligne Headless = TRUE dans le go.sh, mais on obtient aussi des erreurs. Je mets en PJ le Debug, si tu vois comment résoudre le pb. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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[Fwd: Structure en age ou en taille]
by Sigrid LEHUTA 07 Apr '10

07 Apr '10

hello, je met en copie la liste users au cas ou qqn y comprenne qqch ... je rigole ;-) mais qqn a peut etre plus d experience que moi avec les structures en longueur... mais je veux denoncer personne ! Alors, j ai parcouru le doc vite fait et apparemment toutes les infos dépendent de la taille. ca me parait donc plus pertinent de structurer la population en longueur. Et justement si seule une abondance par classe de longueur est dispo, la structure en taille est toute indiquee. par contre il va quand meme falloir que tu aies une idee de la vitesse de croissance pour avoir les probabilités de passage d'une classe à l'autre à chaque saison. ici ils renseignent un taux de croissance annuel constant qui pourrait te donner une clé taille-age, les deux structures taille et age pourraient donc etre equivalentes... mais à mon avis c est plus logique en longueur, en plus la structure en longueur offre une plus grande flexibilité : potentiellement moins de classes, tu peux reprendre les bornes de classes pour lesquelles les données sont disponibles etc... Seul hic : les calculs de probabilités de changement de classe sont parfois compliqués... pour les effectifs par zones, j avais un jeu de données d'abondance magnifique grace a l'acoustique. quand a la structure en taille elle est extrapolée des chalutages scientifiques les plus proches (en plus c est pas moi qui ait fait tout ca c etait deja disponible). donc la méthode que tu proposes, si je la comprends bien, semble valable. j espere que j ai ete claire :-\ Bon courage ! -------- Message original -------- Sujet : Structure en age ou en taille Date : Wed, 7 Apr 2010 11:25:25 -0400 De : Benoit Archambault <benarcha(a)gmail.com> Pour : sigrid.lehuta(a)ifremer.fr Coucou, est ce que c'est envisageable d'utiliser une structure en taille sur une espèce de poisson si on n'a aucune relation taille age, donc pas d'abondance par classe d'age. Mais peut être possibilité d'extrapoler une abondance par zone a partir de relevés scientifiques (nb par trait de chalut) et après appliquer a ca une distribution en taille. T'avais fait comment pour calculer l'abondance par zone des anchois a partir des donnes pelgaz ? Ici ca me parait quand meme un peu artificiel sachant que les distributions en taille proviennent d individus captures (observation en mer quand même pas que débarquement). Je pense pas etre super clair donc j'ai joint l'évaluation de stock pour l'espèce concernée pour te donner une idee des donnees dispos. Merci, Benoit -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Isis-Fish 3.3.0.2 est disponible
by Eric Chatellier 07 Apr '10

07 Apr '10

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cette version corrige : * un problème de migration pour les régions sans carte * un problème de sauvegarde impossible sur une région en cours d'édition * un problème de relancement des simulations locales Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Probleme avec isis-database-3 pour la V3.2 et V3.3
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 06 Apr '10

06 Apr '10

Bonjour j'ai rencontré les problèmes suivants dans les 2 configurations - pas de isis et donc pas de isis-database 3 - suppression de isis-database-3 de la version courante avant de mettre une nouvelle version d'isis Je lance ISIS 3.2 message d'erreur : votre base de donnée locale chemin\isis-database-3 n'utilise pas un protocole correct. Voulez-vous faire une sauvegarde de cette base et récupérer une meilleure version? » si je clique sur non : il apparait une fenetre d'erreur can't load class: scripts.ResultName fr.ifremer.isisfish.IsisFishException: Can't load class: scripts.ResultName at fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStorage.java:142) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java:239) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.init(SimulAction.java:138) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.<init>(SimulAction.java:122) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:459) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:290) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:89) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:677) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:182) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.launchUI(IsisFish.java:505) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:143) à force de cliquer, elle se ferme et isis se lance mais simulation impossible si je clique sur oui :isis se lance mais simulation impossible Je lance ISIS3.3.0.1 c'est idem... WARN « la base de donnée n'a pu etre trouvee ou telechargée vous pouvez la telechargez depuis le site ... » en cliquant sur oui, il y a le message d'erreur « impossible d'obtenir la liste des résultats » ca vient de quoi ?????????? merci stephanie

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Attention : target factors dans une base multi-specifique
by Sigrid LEHUTA 02 Apr '10

02 Apr '10

Salut, je viens de m'apercevoir d un piège piégeux. Lorsqu'on a plus d'une espèce, il est obligatoire de renseigner les target factors des métiers pour chaque espece meme si elle n est pas ciblée. Qqn peut-il me le confirmer ? Il semblerait que la valeur par defaut des target factors soit 1. Si c est bien le cas, il me semble que zéro serait mieux, mais à valider avec les autres avant modif. A+ -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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message d erreur en V3.3. : impossible de sauver les modifs
by Sigrid LEHUTA 01 Apr '10

01 Apr '10

Salut, j ai cette erreur quand je tente de sauver des modifs dans la base pour une espèce. "isis a detecté une erreur, impossible de sauver les modifications." et c est un peu aléatoire au bout d un moment les modifs sont gardées. Avez vous une idee de l origine ? Merci d avance Sigrid Message: org.nuiton.topia.TopiaException: Une erreur est apparue pendant le commit : Row was updated or deleted by another transaction (or unsaved-value mapping was incorrect): [fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Species#1269966702641#0.7280290537031149] Level: SEVERE Stack Trace: Une erreur est apparue pendant le commit : Row was updated or deleted by another transaction (or unsaved-value mapping was incorrect): [fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Species#1269966702641#0.7280290537031149] org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.commitTransaction(TopiaContextImpl.java:655) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.topiaSave(InputSaveVerifier.java:330) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier$1.actionPerformed(InputSaveVerifier.java:87) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Row was updated or deleted by another transaction (or unsaved-value mapping was incorrect): [fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Species#1269966702641#0.7280290537031149] org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.check(AbstractEntityPersister.java:1782) org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.update(AbstractEntityPersister.java:2425) org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.updateOrInsert(AbstractEntityPersister.java:2325) org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.update(AbstractEntityPersister.java:2625) org.hibernate.action.EntityUpdateAction.execute(EntityUpdateAction.java:115) org.hibernate.engine.ActionQueue.execute(ActionQueue.java:279) org.hibernate.engine.ActionQueue.executeActions(ActionQueue.java:263) org.hibernate.engine.ActionQueue.executeActions(ActionQueue.java:168) org.hibernate.event.def.AbstractFlushingEventListener.performExecutions(AbstractFlushingEventListener.java:321) org.hibernate.event.def.DefaultFlushEventListener.onFlush(DefaultFlushEventListener.java:50) org.hibernate.impl.SessionImpl.flush(SessionImpl.java:1028) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.commitTransaction(TopiaContextImpl.java:640) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.topiaSave(InputSaveVerifier.java:330) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier$1.actionPerformed(InputSaveVerifier.java:87) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Isis-Fish 3.0.0.1 est disponible
by Eric Chatellier 30 Mar '10

30 Mar '10

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cette version rend configurable l'emplacement de Java pour utiliser un autre serveur de simulation que caparmor. Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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probleme de lancement V3.3.0
by Stephanie MAHEVAS 29 Mar '10

29 Mar '10

Bonjour un collègue (Alain FRANC) en cours d'inscription à la liste des utilisateurs vient d'installer la nouvelle version d'ISIS apres avoir verifie qu'il avait bien la version 1.6 de Java (il a la version 1.6.0_7), il a clique sur le .bat. Resultat : la fenetre DOS se lance avec pour simple commentaire "isis starting..." mais au bout d'une demi-heure toujours pas d'ISIS... voici le debug et son commentaire "ce serait pas mal d'avoir un message plus explicite sur ce que fait ISIS ...". merci d'avance Stephanie pour Alain -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... [Script] R_HOME not found [Script] Path = C:\Perl\bin\;C:\Program Files\MiKTeX 2.7\miktex\bin;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;C:\Program Files\Fichiers communs\Roxio Shared\DLLShared\;C:\Program Files\Fichiers communs\GTK\2.0\bin;c:\delta;C:\_AF\phylip-3.68\exe;C:\MinGW\bin INFO [main] (IsisFish.java:314) init - Starting Isis-Fish with args : [] INFO [main] (IsisFish.java:319) init - 29/03/10 15:11 Java version: 1.6.0_07-b06 Isis-fish version: 3.3.0.0 INFO [main] (URLConverter.java:68) <init> - org.nuiton.util.URLConverter@16fe0f4 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.URLConverter@16fe0f4 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.URIConverter@a4e2e3 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.VersionConverter@2a15cd INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.LocaleConverter@121ab80 INFO [main] (IsisConfig.java:886) parse - Check configuration change INFO [main] (IsisConfig.java:907) parse - Config file migration done INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*i18n/.+\.properties in 9 urls in 258,436ms INFO [main] (I18nLoader.java:162) init - 9 bundle(s) found, [18 file(s)] in 4,763ms INFO [main] (I18nLoader.java:233) addLanguage - Language <locale: fr_FR,nbStences:1321>, nbEntries: 9, nbSentences: 1321 in 21,142ms INFO [main] (IsisFish.java:432) initVCS - Check state of local repository: C:\Documents and Settings\Alain\isis-database-3 INFO [main] (IsisFish.java:461) initVCS - Local repository don't exist INFO [main] (VCSSVN.java:135) getSVNManager - Try to connect to svn://labs.libre-entreprise.org/svnroot/isis-fish-data INFO [main] (VCSSVN.java:223) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : svn://labs.libre-entreprise.org/svnroot/isis-fish-data/ INFO [main] (VCSSVN.java:531) checkout - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (RegionStorage.java:237) getRegion - Try to open region DemoRegion(C:\Documents and Settings\Alain\isis-database-3\regions\DemoRegion) INFO [main] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for DemoRegion INFO [main] (TopiaContextImpl.java:199) loadServices - Le service topia.service.migration chargé par org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationServiceImpl INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:226) migrateSchema - Starting Topia Migration Service ERROR [main] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Table "TMS_VERSION" not found; SQL statement: select this_.version as version26_0_ from tms_version this_ [42102-128] INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:249) migrateSchema - Database version not found, so database schema is considered as V0 INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:252) migrateSchema - Application version : 3.3, database version : 0 INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*oldmappings/IsisFish/0/.*\.hbm\.xml in 84 urls in 1,859s INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:286) migrateSchema - Database is up to date, no migration needed. INFO [main] (TopiaMigrationServiceImpl.java:249) postRestoreSchema - postRestoreSchema event detected, redo, schema migration INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:226) migrateSchema - Starting Topia Migration Service ERROR [main] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Table "TMS_VERSION" not found; SQL statement: select this_.version as version107_0_ from tms_version this_ [42102-128] INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:249) migrateSchema - Database version not found, so database schema is considered as V0 INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:252) migrateSchema - Application version : 3.3, database version : 0 INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*oldmappings/IsisFish/0/.*\.hbm\.xml in 84 urls in 1,808s INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:276) migrateSchema - Database need update

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Fwd: isis logo
by hilaire.drouineau 26 Mar '10

26 Mar '10

et qu'est ce que vous en pensez comme ça? isis

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Récupérer une matrice en cours de simulation.
by Benoit Archambault 12 Mar '10

12 Mar '10

Bonjour. Je dois récupérer, en cours de simulation, les valeurs d'une matrice, Abundance par exemple. Ceci afin d'exporter la matrice dans un String puis d'écrire le String dans un csv. (cf message de Sigrid, merci pour la réponse). Je vois bien comment cela est fait à la fin d'une simulation (cf exports), mais je n'arrive pas à retrouver le chemin menant à cette matrice en cours de simulation. Je pense qu'il me manque un paramètre du style "currentsimulation" et après peut être récupérer la marice comme ceci: MatrixND mat = currentsimulation.getResultStorage().getMatrix(param_pop, ResultName.MATRIX_ABUNDANCE); J'espère avoir été clair. Merci, Benoit

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