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Re: [Isis-fish-users] Cluster
by Eric Chatellier 01 Mar '10

01 Mar '10

Le 28/02/2010 22:36, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour à tous, > Bonjour, > Une nouvelle question pour les informaticiens ! > > Après quelques échanges de mails, il semble donc qu’il ne me sera pas > possible d’utiliser Caparmor… > > Cependant, nous disposons d’un Cluster ici, qui fait habituellement > tourner des modèles hydrodynamiques. > > La machine est disponible régulièrement, donc je pense pouvoir l’utiliser. > > La personne qui gère le cluster me demande si mon modèle peut être > parallélisé et tourner sur plusieurs CPU, j’imagine que c’est déjà ce > qui est fait avec Caparmor… ? > En fait non, une simulation n'est pas parallélisable. Ce qui est "parallélisé" c'est les plans de simulation et les plans d'analyse. Plusieurs simulations tournent en même temps, mais chaque simulation utilise un seul coeur (processeur). > > Je voulais donc 1) juste avoir cette petit confirmation. > > Et 2) savoir comment techniquement je pourrais faire tourner Isis sur > un Cluster ? J’imagine que je ne pourrais pas faire de lancement à > distance ? Et qu’il me faudra installer ISIS sur le cluster puis venir > avec une clef USB pour copier ma base et enfin lancer les simus > directement à partir du terminal du cluster… ????? > Ça dépend. Voulez vous faire tourné des simulations isolées ? Ou plutôt un ensemble de simulation ? Pour ce qui de l'accès, on accede à caparmor via le protocole ssh (si c'est un serveur linux, il devait être présent), l'envoi de simulation, le lancement et la récupération des résultats se fait ainsi. Par contre, sur caparmor, il y a un "ordonnanceur" de jobs, qui fait que même si on envoi 1000 simulations, il les fera 16 par 16 pour ne pas nuire aux performances du système. Pouvez vous vous renseigner pour savoir si un équivalent existe ? > > Merci de vos éclaircissements. > > Bonne journée. > > Bastien > -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Cluster
by Bastien Preuss 28 Feb '10

28 Feb '10

Bonjour à tous, Une nouvelle question pour les informaticiens ! Après quelques échanges de mails, il semble donc quil ne me sera pas possible dutiliser Caparmor Cependant, nous disposons dun Cluster ici, qui fait habituellement tourner des modèles hydrodynamiques. La machine est disponible régulièrement, donc je pense pouvoir lutiliser. La personne qui gère le cluster me demande si mon modèle peut être parallélisé et tourner sur plusieurs CPU, jimagine que cest déjà ce qui est fait avec Caparmor ? Je voulais donc 1) juste avoir cette petit confirmation. Et 2) savoir comment techniquement je pourrais faire tourner Isis sur un Cluster ? Jimagine que je ne pourrais pas faire de lancement à distance ? Et quil me faudra installer ISIS sur le cluster puis venir avec une clef USB pour copier ma base et enfin lancer les simus directement à partir du terminal du cluster ????? Merci de vos éclaircissements. Bonne journée. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Les simus ne se lancent pas sous caparmor
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 26 Feb '10

26 Feb '10

Re-hello ça ne fonctionne tjrs pas les simus sous Caparmor....ça ne fait que charger charger, mais rien ne se passe.... Est-ce que ça fonctionne chez vous ? Delph

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Pb de simulatiions sur caparmor avec la nouvelle version d'isis ?
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 26 Feb '10

26 Feb '10

Hello, encore un petit souci ISIS Les simulations sous caparmor ne se lancent pas. En local, ça fonctionne, mais pas avec Caparmor.. j'ai vérifié la configuration, il semble que tout est ok, et pourtant.... merci Delph

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Petits soucis avec la nouvelle version d'isis
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 25 Feb '10

25 Feb '10

Bonjour les Isis-iens, je ne sais pas si vous avez essayé de lancer la nouvelle version d'isis...ça fonctionne ? Pour ma part, petit souci, apparemment, il coince avec le ResultName J'arrive quand même à ouvrir l'interface isis, donc en le compilant, j'obtiens : C:\Documents and Settings\drocklin\isis-database-3\scripts\ResultName.java:1: class, interface, or enum expected <<<<<<< .mine ^ C:\Documents and Settings\drocklin\isis-database-3\scripts\ResultName.java:145: class, interface, or enum expected ======= ^ C:\Documents and Settings\drocklin\isis-database-3\scripts\ResultName.java:179: class, interface, or enum expected import static org.nuiton.i18n.I18n.n_; ^ C:\Documents and Settings\drocklin\isis-database-3\scripts\ResultName.java:181: class, interface, or enum expected import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605) ^ C:\Documents and Settings\drocklin\isis-database-3\scripts\ResultName.java:568: class, interface, or enum expected >>>>>>> .r234 ^ 5 errors je ne sais pas d'où viennent les <<<<<< et les >>>>>>>>> et les ======, mais apparemment il n'aime pas... De plus, certains noms de fichiers apparaissent en couleur (ex, le ResultName apparaît en bleu). Certains sont en vert, apparemment ceux faits-maison ! et une grande majorité des "rules" sont en bleu....(cantonnement, effortreduction, interdictionengin, tac....) ça veut dire quoi ? Qu'il les a modifié en les important ? (en remplaçant les org.cordelutin par org.nuiton ? D'ailleurs, ce n'est pas modifié automatiquement ds tous les scripts.... Est-ce que qqun d'autre a eu ce genre de soucis ? merci Delph

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Nouvelle version d'Isis-Fish 3.3 disponible
by Eric Chatellier 24 Feb '10

24 Feb '10

Bonjour, Une nouvelle version de test d'IsisFish 3.3.O.0, est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Pensez à sauvegarder votre dossier isis-database-3 avant de lancer cette nouvelle version d'IsisFish. Cette version comporte plusieurs modifications: - migration codelutin vers nuiton - amélioration de l'utilisation de caparmor - diverses corrections de bugs Migration codelutin vers nuiton ------------------------------- Les librairies utilisées par IsisFish ont changé de serveur et leurs nom de package également. Concrètement, cela signifie que dans les scripts (règles, plans), les imports en tête de fichier: org.codelutin. devrons être remplacés par: org.nuiton. IsisFish effectuera la migration lui même lors du premier lancement. Il est toutefois conseillé de vérifier les scripts depuis l'interface de gestion. Les liens vers les API Java ont été mises à jour sur le wiki : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Erreur de compilation ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Certaines erreurs de compilation sont connues. Auparavant le code suivant: List<PopulationGroup> groups = matrixCatchPerStrategyMetPerCell.getSemantic(2); produisait un warning Java. Maintenant il produit une erreur. Il faut corriger ce genre d'erreur en forçant le cast : List<PopulationGroup> groups = (List<PopulationGroup>)matrixCatchPerStrategyMetPerCell.getSemantic(2); C'est normalement la seule erreur qui pourrait survenir. Amélioration de l'utilisation de caparmor ----------------------------------------- La majeure partie des améliorations concerne l'utilisation de caparmor. Multijob ~~~~~~~~ Les plans d'analyse indépendants et les analyses de sensibilités sont exécutés sur caparmor dans un job unique. Cela permet notamment d'aller au delà de la limite de 100 simulation qui était imposée dans la version 3.2. Il est maintenant important que les plans d'analyse se termine correctement (sans erreur sur la condition d'arrêt) car IsisFish demande le démarrage du plan lors de l'envoi de la dernière simulation. Les plans dépendants exécutés sur caparmor ne sont pas concernés car les simulations sont séquentielles. Espace disque ~~~~~~~~~~~~~ IsisFish supprimera maintenant les fichiers inutiles après téléchargement des résultats. Les erreurs dues au dépassement du quota de 50go seront donc moins fréquentes. Installation ~~~~~~~~~~~~ Pensez à modifier votre configuration. Si IsisFish n'est pas installé sur votre compte caparmor, vous pouvez utiliser la version disponible à l'emplacement suivant (configuration : "Emplacement d'IsisFish") : /home3/caparmor/poussin/isis-fish-3.3.0 Le changelog complet est disponible à l'adresse suivante : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cordialement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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error lors de la vérification de la pecherie
by Sigrid LEHUTA 23 Feb '10

23 Feb '10

re bonjour ! (vous l aurez deviné, je travaille sur isis aujourd hui ;-)) J'ai obtenu ce message lorsque j ai tenté de verifier ma pecherie. je ne comprends pas d ou vient l erreur : de la pecherie ou de la procedure de vérification ? Merci de votre aide. Sigrid -- Erreur Message: java.lang.NullPointerException Level: SEVERE Stack Trace: null fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check(CheckRegion.java:92) fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check(CheckRegion.java:297) fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check(CheckRegion.java:237) fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check(CheckRegion.java:376) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.checkFisheryRegion(InputAction.java:1301) fr.ifremer.isisfish.ui.input.FisheryRegionUI.check(FisheryRegionUI.java:147) fr.ifremer.isisfish.ui.input.FisheryRegionUI.doActionPerformed__on__check(FisheryRegionUI.java:353) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.Util$1.invoke(Util.java:144) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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selection des cellules d une zone V3.3
by Sigrid LEHUTA 23 Feb '10

23 Feb '10

Bonjour tout le monde, j'ai un petit bug en V3.3 : dans l interface de saisie de la pecherie, onglet zones, je veux creer une zone qui contient toutes mes cellules, mais ctrl+A dans la liste des cellules ne fonctionne pas. Je dois cliquer sur chaque cellule une par une (c est le meme souci je pense que celui identifié pour la selection des strategies dans la fenetre de lancement de simulation). Pourrait on autoriser le ctrl+A dans une future version ? merci a++ Sigrid -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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CAPARMOR accès extranet
by Bastien Preuss 16 Feb '10

16 Feb '10

Bonjour à tous, Jai contacté Tina pour savoir si je pouvais avoir accès à CAPARMOR en nétant pas sur le réseau IFREMER, et sa réponse est quil est possible dutiliser le « portail extranet ». Ma question est donc de savoir sil est possible de configurer laccès en extranet à CAPARMOR via linterface ISIS ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Ecole Chercheur ANALYSE DE SENSIBILITE 7 au 10 juin 2010 - Giens
by Stephanie MAHEVAS 04 Feb '10

04 Feb '10

Bonjour, A l'initiative du Réseau MEXICO (Méthodes d'Exploration Informatique de modèles Complexes) regroupant des scientifiques de l'INRA, du CEMAGREF, de l'ULCO, du CIRAD, de Code Lutin et de l'Ifremer, s'est déroulée à Giens en mai 2009 une Ecole chercheurs sur l'analyse de sensibilité (ECMAS2009). Elle s'adressait aux chercheurs et doctorants, modélisateurs et utilisateurs de modèles souhaitant acquérir ou consolider leur maîtrise des méthodes d'analyses de sensibilité et d'exploration de modèles par simulations. La qualité des exposés, des travaux pratiques, des échanges d'expériences et connaissances inter-organismes ont été appréciés. L'organisation de cette école a été prise en charge par le Service Formation de l'INRA et de l'Ifremer avec une dizaine de chercheurs du réseau Mexico pour la partie scientifique. Suite au succès de cette première Ecole, une deuxième se déroulera à Giens du 7 au 10 juin 2010. Ci-joint la plaquette de présentation de cette école-chercheurs "Analyse de sensibilité et exploration de modèles", dont le contenu a évolué en fonction de l'évaluation sur le déroulement de la première session. La visite du site http://reseau-mexico.fr/ permettra à ceux qui le souhaitent de s'informer sur ce réseau et sur l'Ecole chercheurs. La date limite d'inscription est fixée au 28 février. Pour s'inscrire : http://vip.sphinxonline.net/inrafpn/Inscr-Mexico/index.htm, <http://vip.sphinxonline.net/inrafpn/Inscr-Mexico/index.htm> Bonne journee Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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