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Quelques commandes utiles pour les simus sur caparmor
by Sigrid LEHUTA 20 Apr '10

20 Apr '10

J'ai crée cette page qui récapitule les types de fichiers de simulation et commandes à utiliser sous caparmor au cas ou tout ne se ferait pas automatiquement. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Est ce que quelqu'un veut bien s'assurer qu'il n'y a pas de bêtise, voire compléter ? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Re: [Isis-fish-users] Simulation sur Cluster
by Eric Chatellier 20 Apr '10

20 Apr '10

Le 19/04/2010 09:13, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > Bonjour, > Une question pour Eric je pense ! > > Je peux maintenant faire tourner isis sur le cluster (à noter que isis > est bcp plus fluide sur mon poste windows, que sur la machine d’entrée > du cluster sous Linux). > > Mais il y a un petit soucis : > > En fait, on ouvre isis sur la machine d’entrée du cluster puis on > envoie la simu à distance sur le cluster comme si c’était CAPARMOR, en > modifiant la configuration. Après avoir appuyer sur « simuler » la > fenêtre de progression s’ouvre, mais là la simu reste toujours sur « > préparation du démarrage ». Pour que la simu se lance réellement il > faut lancer en ligne de commande un fichier créé par isis… La simu > semble alors se dérouler correctement. > > Mais ce qui est bizarre, c’est que l’on ne voit nulle part le Job sur > le cluster, en fait il semble que isis ne passe pas par pbs qui gère > les jobs du cluster. Isis créé un fichier .csh, mais ne semble pas le > communiquer à pbs… > > Cela viendrait-il d’un problème dans les paramètres de configuration > de la liaison avec le cluster (la connexion marche bien quand on fait > le test)? > > Ou autre chose ? > C'est déjà pas mal. Je me doutais que cela ne fonctionnerais pas du premier coup et qu'il y aurait une phase de tâtonnement pour trouver la bonne configuration. Voici ce que fait Isis (dans le cas d'une seule simulation) : /usr/pbs/bin/qsub -m n /home/<user>/isis-tmp/simulation-xyz-script.seq|tee /home/user/isis-tmp/simulation-xyz-pbs.id où : /home/<user>/isis-tmp est le dossier temporaire où isis met toutes les données xyz est l'identifiant de la simulation simulation-xyz-script.seq est le script pour psb simulation-xyz-pbs.id est un fichier où est ecrit le numéro du job PSB Donc: l'executable /usr/pbs/bin/qsub doit exister (l'emplacement se configure dans Isis) Ensuite, la commande totale ne devrait renvoyer aucune erreur. Sinon, comment lancez vous le job à la main ? PS: tu peut téléphoner un matin si tu veux, ca sera moins long -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Simulation sur Cluster
by Bastien Preuss 19 Apr '10

19 Apr '10

Bonjour, Une question pour Eric je pense ! Je peux maintenant faire tourner isis sur le cluster (à noter que isis est bcp plus fluide sur mon poste windows, que sur la machine dentrée du cluster sous Linux). Mais il y a un petit soucis : En fait, on ouvre isis sur la machine dentrée du cluster puis on envoie la simu à distance sur le cluster comme si cétait CAPARMOR, en modifiant la configuration. Après avoir appuyer sur « simuler » la fenêtre de progression souvre, mais là la simu reste toujours sur « préparation du démarrage ». Pour que la simu se lance réellement il faut lancer en ligne de commande un fichier créé par isis La simu semble alors se dérouler correctement. Mais ce qui est bizarre, cest que lon ne voit nulle part le Job sur le cluster, en fait il semble que isis ne passe pas par pbs qui gère les jobs du cluster. Isis créé un fichier .csh, mais ne semble pas le communiquer à pbs Cela viendrait-il dun problème dans les paramètres de configuration de la liaison avec le cluster (la connexion marche bien quand on fait le test)? Ou autre chose ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Changement du nombre de groupes impossible
by Jessica Andre 16 Apr '10

16 Apr '10

Bonjour, Une question pour Eric (je crois). J'essaye de créer ma propre simulation. Cependant, quand je rentre les caractéristiques de ma population, je ne peux pas entrer dans l'onglet « saisi des populations » le nombre de groupes. Il n'y a pas de message d'erreur, je ne peux simplement pas changer le chiffre dans la boite (il reste sur 0, pas très pratique pour les simulations...). Je suis allée dans les exemples comme le Golfe de Gascogne et même topo, je ne peux pas changer le nombre de groupes. J'ai redémarré ISIS (et même l'ordinateur au cas où...) mais ce problème persiste. Une suggestion ?! Merci d'avance Jess ******************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow (Resource Security & Harvest Strategy) Tasmanian Aquaculture and Fisheries Institute (TAFI) University of Tasmania ': (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Private Bag 49, Hobart, TAS 7001 6: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Australia *: Jessica.Andre(a)utas.edu.au * http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 ********************************************************************************

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Re: [Isis-fish-users] ouverture Région
by Eric Chatellier 15 Apr '10

15 Apr '10

Le 15/04/2010 01:06, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour, > > Je suis sur ma machine Windows, avec un accès distant vers un poste Linux du > cluster. > > J'ai supprimer la DemoRegion, Isis a demander de la télécharger au démarage, > puis quand je la charge, j'obtiens la fenêtre d'erreur suivante : > Effectivement, j'ai testé également et la suppression de la région seule n'a pas d'effet. Je pense que tu n'as pas touché à la isis-database-3, tu peux essayer en la supprimant totalement (il va recuperer une nouvelle base et initialiser correctement DemoRegion). Sinon, avec en important une autre région, tu ne devrais pas rencontrer ce probleme. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] ouverture Région
by Eric Chatellier 14 Apr '10

14 Apr '10

Le 14/04/2010 01:22, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour Eric, > Bonjour, > > Une fois la fenêtre ISIS Ouverte : impossible d’ouvrir les onglets en > cliquant avec la souris > Tu es sur un vrai poste linux, ou est-ce un accès linux distant ? Le probleme de la souris ne me parait pas être spécifique à Isis dans ce cas, mais plutôt à environnement d'exécution. Les autres applications fonctionne-t-elle correctement ? > > en utilisant le clavier j’ai pu demander de charger la DemoRegion, et > j’obtiens l’erreur suivante (je mets aussi le Debug en PJ) : > Ok, il n'y a aucune erreur pertinente dans le debug actuel. Il est possible que l'erreur soit apparu au premier lancement d'Isis et que lors de la récupération de isis-database-3, la region DemoRegion se soit mal initialisée. Tu peut peut-être essayer de supprimer le dossier DemoRegion pour que Isis en récupère un. Sinon, y a-t-il toujours l'erreur avec une autre région ? -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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ouverture Région
by Bastien Preuss 13 Apr '10

13 Apr '10

Bonjour Eric, Une fois la fenêtre ISIS Ouverte : impossible douvrir les onglets en cliquant avec la souris, en utilisant le clavier jai pu demander de charger la DemoRegion, et jobtiens lerreur suivante (je mets aussi le Debug en PJ) : Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.datastore.StorageException: Can't find FisheryRegion in this Region Level: SEVERE Stack Trace: Can't find FisheryRegion in this Region fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.getFisheryRegion(RegionStorage.j ava:392) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.loadRegion(InputAction.java:373) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.loadRegion(InputUI.java:133) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI$1.run(InputUI.java:121) java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:209) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:597) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java :269) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:18 4) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java :174) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) Une erreur est apparue pendant le recherche (requête FROM fr.ifremer.isisfish.entities.FisheryRegion) : could not execute query org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.find(TopiaContextImpl.java:802) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.execute(TopiaQuery.java:767) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:79 4) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:83 6) org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAOImpl.findAll(TopiaDAOImpl.java:707) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.getFisheryRegion(RegionStorage.j ava:385) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.loadRegion(InputAction.java:373) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.loadRegion(InputUI.java:133) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI$1.run(InputUI.java:121) java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:209) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:597) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java :269) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:18 4) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java :174) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) could not execute query org.hibernate.exception.SQLStateConverter.convert(SQLStateConverter.java:90) org.hibernate.exception.JDBCExceptionHelper.convert(JDBCExceptionHelper.java :66) org.hibernate.loader.Loader.doList(Loader.java:2235) org.hibernate.loader.Loader.listIgnoreQueryCache(Loader.java:2129) org.hibernate.loader.Loader.list(Loader.java:2124) org.hibernate.loader.hql.QueryLoader.list(QueryLoader.java:401) org.hibernate.hql.ast.QueryTranslatorImpl.list(QueryTranslatorImpl.java:363) org.hibernate.engine.query.HQLQueryPlan.performList(HQLQueryPlan.java:196) org.hibernate.impl.SessionImpl.list(SessionImpl.java:1149) org.hibernate.impl.QueryImpl.list(QueryImpl.java:102) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.find(TopiaContextImpl.java:798) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.execute(TopiaQuery.java:767) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:79 4) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:83 6) org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAOImpl.findAll(TopiaDAOImpl.java:707) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.getFisheryRegion(RegionStorage.j ava:385) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.loadRegion(InputAction.java:373) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.loadRegion(InputUI.java:133) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI$1.run(InputUI.java:121) java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:209) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:597) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java :269) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:18 4) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java :174) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) Table "FISHERYREGION" not found; SQL statement: select fisheryreg0_.topiaId as topiaId59_, fisheryreg0_.topiaVersion as topiaVer2_59_, fisheryreg0_.topiaCreateDate as topiaCre3_59_, fisheryreg0_.name as name59_, fisheryreg0_.minLongitude as minLongi5_59_, fisheryreg0_.maxLongitude as maxLongi6_59_, fisheryreg0_.minLatitude as minLatit7_59_, fisheryreg0_.maxLatitude as maxLatit8_59_, fisheryreg0_.cellLengthLongitude as cellLeng9_59_, fisheryreg0_.cellLengthLatitude as cellLen10_59_, fisheryreg0_.mapFiles as mapFiles59_, fisheryreg0_.comment as comment59_ from fisheryRegion fisheryreg0_ [42102-128] org.h2.message.Message.getSQLException(Message.java:110) org.h2.message.Message.getSQLException(Message.java:121) org.h2.message.Message.getSQLException(Message.java:74) org.h2.command.Parser.readTableOrView(Parser.java:4355) org.h2.command.Parser.readTableFilter(Parser.java:1015) org.h2.command.Parser.parseSelectSimpleFromPart(Parser.java:1543) org.h2.command.Parser.parseSelectSimple(Parser.java:1640) org.h2.command.Parser.parseSelectSub(Parser.java:1537) org.h2.command.Parser.parseSelectUnion(Parser.java:1382) org.h2.command.Parser.parseSelect(Parser.java:1370) org.h2.command.Parser.parsePrepared(Parser.java:409) org.h2.command.Parser.parse(Parser.java:292) org.h2.command.Parser.parse(Parser.java:264) org.h2.command.Parser.prepareCommand(Parser.java:236) org.h2.engine.Session.prepareLocal(Session.java:417) org.h2.engine.Session.prepareCommand(Session.java:378) org.h2.jdbc.JdbcConnection.prepareCommand(JdbcConnection.java:1070) org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.<init>(JdbcPreparedStatement.java:73) org.h2.jdbc.JdbcConnection.prepareStatement(JdbcConnection.java:233) org.hibernate.jdbc.AbstractBatcher.getPreparedStatement(AbstractBatcher.java :534) org.hibernate.jdbc.AbstractBatcher.getPreparedStatement(AbstractBatcher.java :452) org.hibernate.jdbc.AbstractBatcher.prepareQueryStatement(AbstractBatcher.jav a:161) org.hibernate.loader.Loader.prepareQueryStatement(Loader.java:1577) org.hibernate.loader.Loader.doQuery(Loader.java:696) org.hibernate.loader.Loader.doQueryAndInitializeNonLazyCollections(Loader.ja va:259) org.hibernate.loader.Loader.doList(Loader.java:2232) org.hibernate.loader.Loader.listIgnoreQueryCache(Loader.java:2129) org.hibernate.loader.Loader.list(Loader.java:2124) org.hibernate.loader.hql.QueryLoader.list(QueryLoader.java:401) org.hibernate.hql.ast.QueryTranslatorImpl.list(QueryTranslatorImpl.java:363) org.hibernate.engine.query.HQLQueryPlan.performList(HQLQueryPlan.java:196) org.hibernate.impl.SessionImpl.list(SessionImpl.java:1149) org.hibernate.impl.QueryImpl.list(QueryImpl.java:102) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.find(TopiaContextImpl.java:798) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.execute(TopiaQuery.java:767) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:79 4) org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:83 6) org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAOImpl.findAll(TopiaDAOImpl.java:707) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.getFisheryRegion(RegionStorage.j ava:385) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.loadRegion(InputAction.java:373) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.loadRegion(InputUI.java:133) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI$1.run(InputUI.java:121) java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:209) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:597) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java :269) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:18 4) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java :174) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:169) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:161) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:122) Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] installation isis sur cluster
by Eric Chatellier 13 Apr '10

13 Apr '10

Le 13/04/2010 01:26, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour Eric, > > Bonjour, > > J’ai relancé ISIS sur la machine LINUX à distance depuis mon ordi sous > Windows et là ça semble marcher. La fenêtre ISIS s’ouvre par contre je > n’arrive ni à ouvrir la DemoRegion ni a importer de Region, il ne met > pas de message d’erreur… > > Je mets le Debug en PJ. > Le fichier debug.txt a une forme très étrange. (par défaut il n'affiche pas toutes les lignes [Loaded ...) Avez vous modifier les options de lancement (go.sh) ? Il manque pas mal de données de fin de chargement et d'essai d'ouverture de région, donc les erreurs ne sont pas présentes dans se fichier. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Demo (potentiellement) deffectueuse dans ISIS 3.3.0.1?!
by Jessica Andre 13 Apr '10

13 Apr '10

Bonjour, Je suis une toute nouvelle utilisatrice de ISI-Fish et j'apprends les rudiments du programme. J'essaye de lancer la démonstration (« DemoRegion ») qui vient avec la version que j'ai téléchargé (3.3.0.1) mais ca ne marche pas... Parfois ISIS refuse de télécharger l'exemple, et quand il le fait, il semble incomplet (ex. juste une grille dans l'océan sans pas de carte de fond, si je lance la simulation il ne produit pas de résultats). Est-ce-que ce problème vient de l'exemple lui-même ou de mon incompétences a utiliser le programme (c'est toujours une possibilité...) Y-a-t-il aussi d'autres exemples de simulations que je pourrais accéder pour cette nouvelle version d'ISIS-Fish?! J'ai trouvé un autre exemple de paramétrisation sur le site web mais il n'y a pas de dossier correspondant (Test param.zip). Merci d'avance Jess ******************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow (Resource Security & Harvest Strategy) Tasmanian Aquaculture and Fisheries Institute (TAFI) University of Tasmania ': (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Private Bag 49, Hobart, TAS 7001 6: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Australia *: Jessica.Andre(a)utas.edu.au * http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 ********************************************************************************

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installation isis sur cluster
by Bastien Preuss 12 Apr '10

12 Apr '10

Bonjour Eric, Jai relancé ISIS sur la machine LINUX à distance depuis mon ordi sous Windows et là ça semble marcher. La fenêtre ISIS souvre par contre je narrive ni à ouvrir la DemoRegion ni a importer de Region, il ne met pas de message derreur Je mets le Debug en PJ. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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