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Transfert d'effectifs entres populations ?
by Benoit Archambault 12 May '10

12 May '10

Bonjour, J'ai une population de crabe des neiges (délicieux au passage..) divisée en plusieurs groupes (structure taille), correspondant à des stades de mues. Biologie simplifiée : La "mue terminale" peut s'effectuer à partir d'un certain stade, avec une certaine probabilité. Une fois la mue terminale effectuée, l'individu est mature et ne grandira plus. Pour Isis :il faut que a chaque transition entre les groupes, une certaine fraction soit stockée dans une population mature sans croissance. Donc il faudrait pouvoir transférer une partie des effectifs d'une population source immature avec croissance à une population mature sans croissance. Enfin c'est comme ca que je le vois, si vous avez d'autres suggestions je suis preneur. Bonne journée, Benoit

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Re: [Isis-fish-users] ISIS sur Windows 7
by Eric Chatellier 10 May '10

10 May '10

On 04/05/2010 06:25, Bastien Preuss wrote: > > Bonjour, > > J’ai voulu tester ISIS sur une machine Windows 7 (ça marche d’après ce qui > avait été dit dans des mails précédents), mais j’obtient quelques erreurs. > > J’ai bien installé JDK, et j’ai aussi supprimé la database pour qu’ISIS la > recharge. > > Bref j’ai une erreur quand je charge une région (j’en ai essayé plusieurs dont > la DemoRegion), le Debug est en PJ. > > D’autre part, tous les noms d’onglets sont bizarres, on dirait que ça > correspond aux objets Java au lieu d’être les noms normaux. > J'ai bien reproduit l'erreur sous windows. Elle n'est pas spécifiques à Windows 7 mais plutôt au noms de répertoires accentués. C'est bien un bug d'Isis, mais en attendant sa résolution, il est possible de contourner le problèmes en déplacement Isis dans un répertoire qui ne contient aucun accents. Dans ton cas, je pense que Isis est installé dans "C:\Users\Jérémy" (ou un de ses sous répertoires). En le déplaçant ailleurs, cela devrait mieux fonctionner. -- Éric<chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] ISIS sur cluster
by Eric Chatellier 06 May '10

06 May '10

On 06/05/2010 07:43, Bastien Preuss wrote: > > Bonjour Eric, > Salut, > > Une bonne nouvelle à priori, ISIS semble maintenant tourner sur le cluster, le > dernier debug, ne contient aucune erreur. > > Il va maintenant falloir voir si toutes les simu à venir et les résultats sont OK. > Ok. > > Une chose reste limitant, c’est la lenteur de l’interface graphique de ISIS > sur le cluster, il y a des temps d’attente d’environs 10 secondes à chaque > clic de souris (ouverture d’onglet notamment) ! > > Mais j’imagine que cela ne vient pas d’ISIS … > Non, cela ne vient pas de Isis. Je ne connais pas toute l'architecture du cluster, mais il peu y a avoir plusieurs causes possibles (reseau...). > > Une petite remarque de l’administrateur du cluster : l’utilisation de la CPU > par le programme, seul 19% maximum de la CPU est utilisée lors des simulation > test, il trouve ça très peu. > Je trouve ca peu aussi. Sur caparmor, on est a 85%. Je pense que le disque est partagé sur NFS donc c'est normal. Sur caparmor, les disques sont locaux à caparmor donc, il n'y a aucun accès réseau lors de l'écriture. > > Bonne journée. > -- Éric<chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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ISIS sur cluster
by Bastien Preuss 06 May '10

06 May '10

Bonjour Eric, Une bonne nouvelle à priori, ISIS semble maintenant tourner sur le cluster, le dernier debug, ne contient aucune erreur. Il va maintenant falloir voir si toutes les simu à venir et les résultats sont OK. Une chose reste limitant, cest la lenteur de linterface graphique de ISIS sur le cluster, il y a des temps dattente denvirons 10 secondes à chaque clic de souris (ouverture donglet notamment) ! Mais jimagine que cela ne vient pas dISIS Une petite remarque de ladministrateur du cluster : lutilisation de la CPU par le programme, seul 19% maximum de la CPU est utilisée lors des simulation test, il trouve ça très peu. Bonne journée. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] ISIS sur Windows 7
by Eric Chatellier 04 May '10

04 May '10

On 04/05/2010 06:25, Bastien Preuss wrote: > > Bonjour, > > Salut, > > J’ai voulu tester ISIS sur une machine Windows 7 (ça marche d’après ce qui > avait été dit dans des mails précédents), mais j’obtient quelques erreurs. > > J’ai bien installé JDK, et j’ai aussi supprimé la database pour qu’ISIS la > recharge. > > Bref j’ai une erreur quand je charge une région (j’en ai essayé plusieurs dont > la DemoRegion), le Debug est en PJ. > Il y a bien une erreur. Parce contre, le code en erreur a été fait spécialement pour Windows (les precedents). Il me faudrait un Windows 7 pour tester et vérifier pourquoi cela ne fonctionne pas comme avant. > > D’autre part, tous les noms d’onglets sont bizarres, on dirait que ça > correspond aux objets Java au lieu d’être les noms normaux. > Tu pourrais faire une copie d'écran de ça ? -- Éric<chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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ISIS sur Windows 7
by Bastien Preuss 04 May '10

04 May '10

Bonjour, Jai voulu tester ISIS sur une machine Windows 7 (ça marche daprès ce qui avait été dit dans des mails précédents), mais jobtient quelques erreurs. Jai bien installé JDK, et jai aussi supprimé la database pour quISIS la recharge. Bref jai une erreur quand je charge une région (jen ai essayé plusieurs dont la DemoRegion), le Debug est en PJ. Dautre part, tous les noms donglets sont bizarres, on dirait que ça correspond aux objets Java au lieu dêtre les noms normaux. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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capturabilité...
by Sigrid LEHUTA 30 Apr '10

30 Apr '10

Un petit point sur ce que c est la capturabilité d isis par rapport a la capturabilité dont on parle habituellement ... Si d autres users peuvent completer on pourra mettre ca sur le wiki en complement du manuel (c est surement dans les publis aussi si qqn le retrouve). (en anglais parce que je le copie d ailleurs) The accessibility is the probability for a fish in a given area at a given season to be fished by a standard fishing unit with non-selective gear (catchability sensu Seber, 1982). These parameters reflect fish (aggregative) behaviour and potentially depend on stage and season. c est la capturabilité d isis, on aurait du l appeler accessibilité. Fishing mortality is computed based on spatial fishing effort standardised per métier (targeting intensity) and gear (standardisation factor), on gear selectivity as a function of fish length and on fish accessibility. The product of these four parameters is commonly called catchability. Apres on estime ce qu on peut, car dependemment des donnees dispo, les differents facteurs ne sont pas forcement identifiables. La manière (j espere correcte au moins pragmatique) dont je le vois c est : qu est ce qui fait la difference entre les captures de deux métiers à effort,efficacité technique, zone de pêche, mois, taille de poisson, et engin identique ? réponse : le target factor ! autrement dit le target factor et le standardisation factor entre engin c'est respectivement les effets engin et métier dans un modele CPUE ~ year * month * area * length class * technical efficiency * gear * metier -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Re: [Isis-fish-users] PBS sur cluster
by Eric Chatellier 28 Apr '10

28 Apr '10

> Bonjour Eric, Bonjour, > Par contre il semble que le gestionnaire de job ne reçoive pas bien > linformation pour lancer la simu. > > On ne trouve pas de fichier de type attendu. De quel fichier parler vous ? > Je mets ci-dessous un fichier toto.pbs de la forme et avec les > instructions > attendu par PBS. On arrive à faire tourner la simu en le lançant à la > main. La simulation apparait-elle dans la queue des simulations en cours (dans isis) ? Sur le cluster, il doit y avoir plusieurs fichiers dans le dossier "isis-tmp" : - simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-pbs.id (l'identifiant du job) - simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-output.txt (la sortie de isis sur le cluster) Et si la simulations a réussie: - simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-result.zip - simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-result.md5 > Un autre soucis : le nom de la simu contient un espace (entre le nom entré > par lutilisateur et la date incrémentée automatiquement), ça pose > problème lors de la lecture du fichier Quel soucis, vous avez un message d'erreur en particulier ? Normalement les identifiants sont entre quote "", les espaces ne devrait pas poser de problèmes. Plus globalement, il devrait y avoir des erreurs sur le isis client (debug.txt) ou sur le isis cluster (output.txt). Autre question sinon, qu'affiche la commande qsub lorsque vous la lancez à la main ? De mémoire sour caparmor ca écrit : $ qsub -q qLong simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51-script.seq 46456465.service4 46456465.service4 est l'identifiant du job. Sur caparmor, qsub sort églalement des fichiers dans le compte utilisateur pour savoir si la soumission du job à réussie. -- Éric Chatellier

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Re: [Isis-fish-users] pb classes
by Eric Chatellier 28 Apr '10

28 Apr '10

> Bonjour, > > Malheureusement le fichier fait 11Mo et à été rejeté... Tu peux l'uploader ici : http://upload.codelutin.com/ -- Éric Chatellier

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PBS sur cluster
by Bastien Preuss 28 Apr '10

28 Apr '10

Bonjour Eric, Je viens de retester les simu sur le cluster, et ça ne marche pas encore. Il ny a plus lerreur de la librairie, de ce coté là, cest bon. Par contre il semble que le gestionnaire de job ne reçoive pas bien linformation pour lancer la simu. On ne trouve pas de fichier de type attendu. Je mets ci-dessous un fichier toto.pbs de la forme et avec les instructions attendu par PBS. On arrive à faire tourner la simu en le lançant à la main. Un autre soucis : le nom de la simu contient un espace (entre le nom entré par lutilisateur et la date incrémentée automatiquement), ça pose problème lors de la lecture du fichier Toto.pbs : #PBS -S /bin/sh ### RAPPEL Lancement sur cluster Nea : " ### qsub -q qLong toto.pbs ### JOB NAME #PBS -N ISIS ### JOB CLASS #PBS -q qLong ###Number of nodes #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=240:00:00 ### Merge output error and log files #PBS -j oe ### Ressources # This job's working directory : echo Working Directory is $PBS_O_WORKDIR cd $PBS_O_WORKDIR echo Running on host `hostname` echo Time is `date` echo Directory is `pwd` echo This job runs on the following processors : echo `cat $PBS_NODEFILE` NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo This job has allocated $NPROCS nodes echo $HOME cd "/home/bpreuss/isis-fish-3.3.0.2" pwd ##source /usr/share/modules/init/csh ##module load java/1.6.0 /home/bpreuss/jre1.6.0_19/bin/java -Xmx2500M -jar isis-fish*.jar --option launch.ui false --option perform.vcsupdate false --option perform.migration false --option perform.cron false --simulateRemotelly "sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51" "/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 9-08-51-preparation.zip" "/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 9-08-51-result.zip" >& "/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 9-08-51-output.txt" ###rm -rf "$HOME/isis-database-3/simulations/sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 0-15-25" Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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