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Récupération des valeurs de paramètres lors d'un plan d'expérience
by Bastien Preuss 24 Apr '12

24 Apr '12

Bonjour jessaie, de récupérer les valeurs des paramètres de mes AS (les vraies pas les codages entre 0 et 1). Jai regardé dans les fichiers « parameter.properties » de chaque simu, mais je ny est rien trouvé de claire. Si non dans le R.data (en PJ) de mon AS, je vois bien les vraies valeurs de Binf et Bsup de chaque param, puis le plan dexpérience, mais là avec le codage 0/1, par contre, je ne trouve pas les valeurs réellement utilisées dans le plan dexpérience. Je me demande donc où je peux trouver cette info, afin de pouvoir vérifier quelle valeur de chaque param a été utilisée lors de chaque simu ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS
by Bastien Preuss 18 Apr '12

18 Apr '12

J'ai modifié de nouveau tous les getValueandCompute('xx'), en définissant dès ma base les noms de 'xx' même pour les Facteurs de ciblage, de façon à ce que Isis ne les génère pas lui-même lors de la saisie dans l'interface de l'AS. Puis j'ai modifié les noms d'équations, lors de la saisie de chaque facteur dans l'interface d'AS, et là ça fonctionne. Donc comme proposait Eric hier, une petite note dans le manuel serait pas mal, ou modifier le code de manière à ce que Isis génère obligatoirement lui-même les noms mais sans caractère qui pose problème. Après peut être que ce problème n'est plus d'actualité dans la version 4 que je n'utilise pas. Merci pour votre aide les lutins. En espérant ne pas rencontrer d'autre soucis :-) Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean Couteau Envoyé : mercredi 18 avril 2012 20:47 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS Le 18/04/2012 10:41, Eric Chatellier a écrit : > Jean ? Euh, je donne ma langue au chat ? Plus sérieusement, l'erreur est très étrange. R n'arriverai pas à transformer un data.frame en data.frame, ce qui me semble assez improbable. data<-data.frame(xxxxxxxxxxxxxx) isis.simule<-data.frame(data) <- Erreur ici Donc je pense que le premier data.frame n'a pas été créé et R n'a pas remonté d'erreur. Par contre, à la deuxième instruction il est pas content car data est en fait aussi une fonction R (il va d'ailleurs falloir changer de nom de variable, je ne m'en était pas encore apperçu).... Bastien, comme on a ta base, tu peux nous dire quelle AS tu lances ? (paramètres, facteurs et valeurs). Je vais essayer de reproduire ici tes problèmes et essayer de comprendre pourquoi il ne crée pas le premier data.frame. Jean -- Jean Couteau - Code Lutin - www.codelutin.com 12 Avenue Jules Verne, 44230 Saint-Sébastien-Sur-Loire Tel : 02.40.50.29.28 - Port : 06.68.07.29.29 _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS
by Bastien Preuss 18 Apr '12

18 Apr '12

Je viens de tester tous mes param 1 a 1 et l'erreur apparait lorsque j'introduis le Facteur de ciblage d'un de mes métiers dans l'AS. En fait, c'est le seul param où je n'ai pas mis de getvalueAndCompute('xx') à la main, et où j'ai laissé Isis le générer tout seul. Dans le nom généré par Isis il y a des espaces et de accents, donc peut être qu'il n'aime pas, mais même en les enlevant ça bug quand même. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean Couteau Envoyé : mercredi 18 avril 2012 20:47 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS Le 18/04/2012 10:41, Eric Chatellier a écrit : > Jean ? Euh, je donne ma langue au chat ? Plus sérieusement, l'erreur est très étrange. R n'arriverai pas à transformer un data.frame en data.frame, ce qui me semble assez improbable. data<-data.frame(xxxxxxxxxxxxxx) isis.simule<-data.frame(data) <- Erreur ici Donc je pense que le premier data.frame n'a pas été créé et R n'a pas remonté d'erreur. Par contre, à la deuxième instruction il est pas content car data est en fait aussi une fonction R (il va d'ailleurs falloir changer de nom de variable, je ne m'en était pas encore apperçu).... Bastien, comme on a ta base, tu peux nous dire quelle AS tu lances ? (paramètres, facteurs et valeurs). Je vais essayer de reproduire ici tes problèmes et essayer de comprendre pourquoi il ne crée pas le premier data.frame. Jean -- Jean Couteau - Code Lutin - www.codelutin.com 12 Avenue Jules Verne, 44230 Saint-Sébastien-Sur-Loire Tel : 02.40.50.29.28 - Port : 06.68.07.29.29 _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS
by Bastien Preuss 18 Apr '12

18 Apr '12

Bonjour Jean, Comme j'ai modifié tous les getvalueandCompute suite au problème d'hier, je préfère te renvoyer une base : http://upload.codelutin.com/file.php?h=R4a3a09dc55ddbfeca8e4ec7ed341af59 Pour l'AS, je fais un RegFrac avec p=32, r=2 et resolution =3 Concernant les paramètres testés, il y en a pas mal... ça risque d'être un peu long à expliquer. J'essaie de voir si je reproduit l'erreur avec un petit nombre de paramètres. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean Couteau Envoyé : mercredi 18 avril 2012 20:47 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS Le 18/04/2012 10:41, Eric Chatellier a écrit : > Jean ? Euh, je donne ma langue au chat ? Plus sérieusement, l'erreur est très étrange. R n'arriverai pas à transformer un data.frame en data.frame, ce qui me semble assez improbable. data<-data.frame(xxxxxxxxxxxxxx) isis.simule<-data.frame(data) <- Erreur ici Donc je pense que le premier data.frame n'a pas été créé et R n'a pas remonté d'erreur. Par contre, à la deuxième instruction il est pas content car data est en fait aussi une fonction R (il va d'ailleurs falloir changer de nom de variable, je ne m'en était pas encore apperçu).... Bastien, comme on a ta base, tu peux nous dire quelle AS tu lances ? (paramètres, facteurs et valeurs). Je vais essayer de reproduire ici tes problèmes et essayer de comprendre pourquoi il ne crée pas le premier data.frame. Jean -- Jean Couteau - Code Lutin - www.codelutin.com 12 Avenue Jules Verne, 44230 Saint-Sébastien-Sur-Loire Tel : 02.40.50.29.28 - Port : 06.68.07.29.29 _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS
by Bastien Preuss 18 Apr '12

18 Apr '12

Bonjour Eric, J'ai donc modifié les getContextValueAndCompute("xx"), pour que "xx" soit identique au nom que je rentre dans le nom du facteur lors de la saisie du param pour l'AS. Pour un petit plan d'expérience ça semble bien fonctionner à présent. Je poursuit d'autres simu pour vérifier, mais j'ai déjà rencontré une Error. L'AS ne s'est pas lancée et j'ai un message concernant un problème de conversion de Fonction en tableau, mais je ne vois pas exactement d'où ça vient et comment résoudre le pb. Je mets mon début en PJ. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mercredi 18 avril 2012 00:25 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS Le 17/04/2012 15:00, Bastien Preuss a écrit : > OK, voici le lien de download : > http://upload.codelutin.com/file.php?h=R9f8443eb39b97fde7cbfe4f9bd9548fe > > > L'AS et la simu faite en exemple, concerne l'espèce Bec de cane, avec les > stratégies : Nuit_Nord; Nuit_Centre, Nuit_Sud ; PRO_Occasionnel et > PRO_Reguliers. C'était un problème entre le nom du getContext("xx") de la base et le setContext("zz") du prescript qui n'était pas egaux, donc les parametres d'AS n'était pas utilisé. C'est peut être un défaut d'isis car il ne peut pas remplacer les getContextValueAndCompute("xx") qui existe déjà dans l'equation. Je vais completer le manuel la dessus. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS
by Bastien Preuss 17 Apr '12

17 Apr '12

OK, voici le lien de download : http://upload.codelutin.com/file.php?h=R9f8443eb39b97fde7cbfe4f9bd9548fe L'AS et la simu faite en exemple, concerne l'espèce Bec de cane, avec les stratégies : Nuit_Nord; Nuit_Centre, Nuit_Sud ; PRO_Occasionnel et PRO_Reguliers. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mardi 17 avril 2012 23:40 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS Le 17/04/2012 14:35, Bastien Preuss a écrit : > Le voici! ok, pour le script, mais il à l'air bon. Maintenant, il y a peut-être un pb dans la base. Tu peux me l'envoyer ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS
by Bastien Preuss 17 Apr '12

17 Apr '12

Pour les stratégies, c'est plutôt toutes celles dont le nom commence par "Nuit" ou "PRO". -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Bastien Preuss Envoyé : mercredi 18 avril 2012 00:01 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS OK, voici le lien de download : http://upload.codelutin.com/file.php?h=R9f8443eb39b97fde7cbfe4f9bd9548fe L'AS et la simu faite en exemple, concerne l'espèce Bec de cane, avec les stratégies : Nuit_Nord; Nuit_Centre, Nuit_Sud ; PRO_Occasionnel et PRO_Reguliers. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mardi 17 avril 2012 23:40 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS Le 17/04/2012 14:35, Bastien Preuss a écrit : > Le voici! ok, pour le script, mais il à l'air bon. Maintenant, il y a peut-être un pb dans la base. Tu peux me l'envoyer ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS
by Bastien Preuss 17 Apr '12

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Le voici! -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mardi 17 avril 2012 23:18 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS Le 17/04/2012 12:26, bastien preuss a écrit : > Pour le script de l'AS, c'est celui par défault que j'utilise, je ne l'ai pas > modifié. Pardon, je parlais de la simulation ou du fichier parameters.properties de la simulation qui contient le prescript en fait. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS
by Bastien Preuss 17 Apr '12

17 Apr '12

Si besoin, voici aussi le log de la simu. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mardi 17 avril 2012 23:18 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS Le 17/04/2012 12:26, bastien preuss a écrit : > Pour le script de l'AS, c'est celui par défault que j'utilise, je ne l'ai pas > modifié. Pardon, je parlais de la simulation ou du fichier parameters.properties de la simulation qui contient le prescript en fait. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Valeurs de paramètres et résultats d'AS
by bastien preuss 17 Apr '12

17 Apr '12

Pour le script de l'AS, c'est celui par défault que j'utilise, je ne l'ai pas modifié. On Tue, 17 Apr 2012 10:46:12 +0200 Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> wrote: > Le 17/04/2012 10:15, Bastien Preuss a écrit : >> >> Bonjour, >> >> Suite à des résultats d’AS étonnant, j’ai fait une AS test avec 2 >>param pour >> essayer de voir quelles valeurs prenaient les paramètres, puis j’ai >>reproduit >> en dehors de l’AS les simu avec ces mêmes valeurs de paramètres pour >>voir si >> les sorties de simu étaient cohérantes. >> >> Par exemple pour la simu n° 1 de mon AS, j’ai MortNat.Ktemp = 0.8 et >> Repro.Ktemp = 0.8 (valeurs récupérées dans le >>parameters.properties), là >> j’obtiens comme valeur de biomasse en fin de simu : 14 725 tonnes >>(ce résultat >> est bien le même dans l’export de cette simu et dans le fichier de >>sortie de >> l’AS). >> >> Puis je fais séparément une simu, où j’ai fixé MortNatKtemp =0.8 et >> Repro.Ktemp = 0.8 (au lieu de la valeur de référence = 1), et là >>j’obtiens >> comme valeurs de biomasse en fin de simu : 33 831 tonnes. >> >> Du coup il semble bien y avoir un problème quelque part quand l’AS >>calcule mes >> simu. Mais là j’avoue ne pas savoir dans quelle direction chercher… >>J’ai >> essayé avec plusieurs méthodes d’AS, et ça fait pareil, et j’ai >>regardé dans >> le debug, mais je ne vois aucune erreur. >> >> Pour info, j’utilise la version 3.3.0.9. >> > Tu peux m'envoyer ton prescript ? > > Dans la version 3.3.0.9, il y avait une valeur Ktemp, et un >operateur. > Selon l'operateur, on saura ce qu'il calcule. > > Coilà le calcul qui est fait suivant l'operateur: > http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/entry/tags/isis-fi… > qui n'était déjà pas très corrrect, car il ne devrait pas utiliser >la valeur par > defaut. > > -- > Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > Tel: 02.40.50.29.28 > http://www.codelutin.com > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >

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