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regle pour soustraire aux abondances des captures connues non decrites dans le modele de flottille
by Stephanie MAHEVAS 18 Oct '12

18 Oct '12

je voudrais m'assurer que j'ai le doit de manipuler les coordonnees comme je l'ai fait dans la postAction Eric tu peux jeter un coup d'oeil stp? et ensuite j'ai des erreurs de compile que je ne comprends pas merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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erreur dans la nouvelle regle : TACpoids20012011OgiveTriMerlu.java
by Stephanie MAHEVAS 16 Oct '12

16 Oct '12

J'ai l'impreesion qu'il y a erreur ligne 423 la variable metier devrait etre issue des semantiques? est-ce qu ej me trompe? -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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recuperer une sous matrice en sommant sur une dimension
by Stephanie MAHEVAS 16 Oct '12

16 Oct '12

Bonjour je souhaite faire une calibration sur plusieurs annees. Je voudrais etre sure que j'utilise correctement sum.OverDim(). Est-ce que L = L.sumOverDim(0,12) permet d'avoir un cumul de L sur la dimension 0 de 0 à 11 puis de 12 à 23, ect... je mets le script ci-dessous issu de Calibration.java écrit par Sigrid (je crois?). merci STeph MatrixND L2 = result.getMatrix(param_Population, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and replace "L2" by "L" at line 289 /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining or end of the list you enter in the parameters interface /////*** fill the line MatrixND L = L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); as follow : /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and 4 if areas /////*** b = indice of the first object considered /////*** c = number of object to keep after b, b included MatrixND L = L2.getSubMatrix(1,2,4).copy(); // for instance : keep strategies 2,3,4,5 // si tu veux toutes les strategies: // MatrixND L = L2; ///*** if observations are cumulated over quarter a = 3, over year a = 12, else put "//" at the beginning of the following line // L = L.sumOverDim(0,a); L = L.sumOverDim(0,12);//sum over dates L = L.sumOverDim(1);// sum over strategies L = L.sumOverDim(2);// sum over metiers L = L.sumOverDim(4);// sum over zones L = L.reduce(); -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Reunion utilisateurs ISIS 6 et 7 décembre 2012 à Nantes
by Stephanie MAHEVAS 11 Oct '12

11 Oct '12

Bonjour à tous je vous rappelle que la prochaine reunion des utilisateurs/developpeurs d'ISIS aura lieu à Nantes les 6 et 7 décembre 2012. La première journée sera consacrée aux présentations (nouveautés, cas d'étude) et la deuxième journée à la programmation java pour l'adaptation ou le développement de nouveaux scripts dans ISIS. Pour s'inscrire : http://poll-o.isis-fish.org/reunion-6-et-7-decembre-2012/ La journée programmation ne sera pas véritablement un TP/formation mais plus une assistance pour lever des difficultés ou des blocages et mettre le pied à l'étrier pour les nouveaux utilisateurs. Il est envisagé d'organiser une formation collective en Java de plusieurs jours avec Code Lutin en 2013. Pour éviter de financer cette formation sur nos budgets de développements, il faudrait la faire inscrire au plan de formation de l'Ifremer. Cela suppose donc que les agents Ifremer intéressés l'affiche comme vœu de formation dès septembre lors de l'entretien individuel . Bonnes vacances ou bon retour Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] calibration / minimisation method
by Eric Chatellier 09 Oct '12

09 Oct '12

Le 19/09/2012 15:39, Fabian ZIMMERMANN a écrit : > Salut Eric, Salut, > > j'ai une demande plus générale: Nous voulons améliorer la calibration de notre > base de donnés, tout d'abord concernant le nombre des variables. Avec le > script courant il est seulement possible d'estimer deux différentes variables > pour tous les groupes de la capturabilité, mais ça ne produit pas vraiment des > bonnes résultats. Donc, l'idée est de trouver une autre optimisation pour > tester ~4 variables. > > Au moment, la proposition pour ça est un downhill simplex method in > multidimensions (Nelder and Mead). Mais je manque la notion de Java pour un > jugement là..c'est pourquoi ma question est: Est-ce que c'est raisonnable ou > est-ce qu'il y a des méthodes optimisation/minimisation qui pourrait marcher > mieux avec Isis ? Heu, la je suis un peu perdu. Je ne maitrise pas la calibration et ses notions mathématiques, il faut mieux poser la question à un matheux ;) > Et est-ce qu'on peut utiliser pour ça l’implémentation existante > http://commons.apache.org/math/api-2.2/org/apache/commons/math/optimization… > ? Ca vient de la librairie commons-math qui est disponible dans IsisFish. Tu peux déjà l'utiliser et la tester: import org.apache.commons.math.optimization.direct.NelderMead; ... NelderMead nelderMead = new NelderMead(|rho, khi, gamma, sigma|); double value = nelderMead.evaluate(x); Par exemple. Après pour déterminer si elle convient ou pas, je ne peux pas te répondre. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '12

30 Sep '12

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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[ANN] - IsisFish 4.2.1.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification 26 Sep '12

26 Sep '12

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.1.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Ajout des champs groupMin/groupMax pour pouvoir calculer la mortalité totale par pêche Issue: 1530. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.1.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/489 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Soutenance de thèse
by Bastien Preuss 25 Sep '12

25 Sep '12

Bonjour à tous, Un petit mail pour vous annoncer la tenue de ma soutenance de thèse le 8 octobre prochain ! Si vous êtes de passage en Nouvelle-Calédonie vous êtes les bienvenues (17h dans le grand amphi de lUniversité) ! Pour rappel ma thèse sintitule « Evaluation de scénarios de gestion des ressources du lagon Sud-ouest de la Nouvelle-Calédonie : intégration des connaissances et modélisation spatialement explicite » (le résumé figure dans la suite de ce message), et était encadrée par Dominique Pelletier et Laurent Wantiez. Une version pdf du manuscrit sera disponible dici quelques semaines pour les personnes intéressées. Je tiens à vous remercier membres de la liste utilisateurs et développeurs, en particulier léquipe des Lutins pour leur précieuse aide. Je tiens aussi à remercier Stéphanie qui a accepté dêtre rapporteur de ma thèse. Sincèrement, Bastien Résumé La pression démographique dans le Grand Nouméa pose la question de la durabilité de la pêche dans le Lagon Sud-ouest de la Nouvelle-Calédonie et de la pertinence de mettre en place de nouvelles mesures de gestion. Les modèles de dynamique de population spatialement explicites sont des outils d'aide à la décision intéressants pour appuyer les gestionnaires dans la mesure où les ressources et la pêche se distribuent dans lespace de manière hétérogène, particulièrement dans un milieu récifo-lagonaire où l'habitat est fragmenté. Le modèle ISIS-Fish a été utilisé pour mettre en place un modèle de dynamique des populations et évaluer différents scénarios de gestion. Pour cela, la connaissance existante sur la biologie et l'écologie de 3 espèces d'intérêt halieutique aux traits d'histoire de vie différents a été synthétisée et formalisée : Lethrinus nebulosus (le bec de cane), Plectropomus leopardus (la saumonée) et Naso unicornis (le dawa). Les activités de pêche professionnelle et plaisancière ont ensuite été caractérisées et modélisées dans leurs aspects saisonniers et spatiaux, en utilisant respectivement des données de déclarations et des données issues d'un travail de terrain. Ce dernier a permis d'estimer les captures plaisancières de bec de cane, de saumonée et de dawa à respectivement 5.8 t, 147.4 t et 28.6 t. En l'absence d'évaluation des stocks, nous avons proposé une démarche permettant d'évaluer la situation actuelle des ressources. Les taux d'exploitation sont apparus relativement faibles. L'existence d'incertitude sur les paramètres du modèle a été étudiée par des analyses de sensibilité. Le recrutement qui est un élément majeur de la dynamique des populations des 3 espèces a été plus particulièrement étudié. Il existe aussi une incertitude relativement importante concernant les activités de pêche en raison d'un faible niveau de détail des données. Quatre scénarios de gestion ont ensuite été évalués en prenant en compte les incertitudes sur le modèle (statu quo, AMP, taille minimale de capture et augmentation du nombre de pêcheurs professionnels). Globalement ces différents scénarios ont montré des effets modérés sur les populations de poissons. L'AMP a montré selon l'espèce un effet parfois important à l'intérieur de son périmètre. L'instauration d'une taille minimale de capture a réduit de façon importante les captures des pêcheurs à la ligne. Son intérêt est conditionné par un taux de survie élevé des individus relâchés. L'augmentation du nombre de pêcheurs professionnels a eu un effet visible sur les populations de bec de cane et de dawa, mais pas sur celle de la saumonée. Mots clefs : Lethrinus nebulosus ; Plectropomus leopardus ; Naso unicornis ; dynamique de population ; pêcheries ; modèle spatialement explicit ; incertitude ; analyse de sensibilité ; évaluation de scénarios de gestion. Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Catch weight versus Landings
by Bastien Preuss 21 Sep '12

21 Sep '12

Oui c'est bien ça, les Landings sont en abondance. Par contre je ne sais pas pourquoi ... y a-t-il un intérêt à cela? Stéphanie? -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Fabian ZIMMERMANN Envoyé : mercredi 30 mai 2012 17:52 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Catch weight versus Landings Salut, if I'm not mistaken: The Landings are in numbers of fish, not weight. This means it corresponds to the results of Catch and Discards (in numbers), not CatchWeight. Fabian Jessica Andre a écrit : > Bonjour, > > > > Question sur les résultats issues des simu. Techniquement, les landings > cest les Catch Weights les Discards. > > Donc, pour un mois donné, si je somme sur les strategies,metiers et > groups dans mes résultats, et que mes CatchWeight sont 94 tonnes et mes > DiscardsWeight 36,3 tonnes, mes Landings devraient être 57.7t. Or les > résultats me montrent 533.8 tonnes de landings. Comprends pas, comment > est-ce-possible ?! Jai ca pour toute mes espèce, les landings sont > supérieurs aux CatchWeights Si cest une erreur dunité, je la voie pas. > > > > Toute suggestions bienvenues Merci davance > > > > Jess > > > > **************************************************************************** *********** > > *Dr Jessica André* > > Junior Research Fellow > > Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) > > Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) > > University of Tasmania, Private Bag 49 > > Hobart, TAS 7001, Australia > > > > Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 > > Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 > > Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au > > Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > > > > `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> > > > > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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[ANN] - IsisFish 4.2.0.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification 20 Sep '12

20 Sep '12

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.0.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Impossible d'utiliser des appels R en sous process Issue: 1508. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Impossible de lire les resultats de simulation Issue: 1507. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.0.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/480 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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