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Calcul de Ftot avec GroupMin et GroupMax
by Loic GASCHE 11 Jan '13

11 Jan '13

Bonjour, Juste un petit rappel au cas où des personnes utiliseraient le calcul de Ftot avec GroupMin et GroupMax : Pour faire ce calcul on utilise la méthode : getSubMatrix(int dim, int start, int nb) avec int start = GroupMin et int nb = GroupMax - GroupMin + 1. Le problème est qu'à priori int start ne fait pas partie des valeurs sélectionnées, et que la sous-matrice extraite ne commence donc qu'à int start +1. Donc si vous voulez calculer un Fbar sur les groupes 3 à 6 vous devez en fait entrer GroupMin = 2 (sera exclu) et GroupMax = 5, comme ça votre calcul sera bien fait sur 4 valeurs à partir du groupe 3 inclus. Peut-être aurait-il mieux fallu raisonner en GroupMin et NbreDeGroupes pour ISIS, ça aurait permis de contourner le fait que getSubMatrix() ne prend pas en compte la première valeur... Loïc

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Simulations caparmor qui s'arrêtent à Janvier 0 ?
by Loic GASCHE 10 Jan '13

10 Jan '13

Bonjour les lutins, J'ai lancé une AS sur caparmor hier, et je me rends compte que toutes mes simus on arrêté de tourner en Janvier 0 (alors que j'ai demandé 10 ans de simus). Il ne semble pas y avoir de messages d'erreur dans le debug d'ISIS, ni dans les logs de simulation et je ne vois pas trop ce qui cause cet arrêt à Janvier 0. Est-ce que ça peut venir du fait que je me suis planté dans l'installation d'ISIS à utiliser sur caparmor ? J'ai encore /home3/caparmor/poussin/isis-fish-4.1.1.0 alors que je suis sur la 4.2.1.0, je n'avais pas fait attention. Sinon, est-ce qu'il y a java 7 sur caparmor ? Loïc

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java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space ?
by Loic GASCHE 09 Jan '13

09 Jan '13

Salut les lutins, Je crois que j'ai un nouveau message d'erreur à rajouter à ma collec' : ERROR|12:05:08,758|InProcessSimulatorLauncher.java|431|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space at java.lang.String.intern(Native Method) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:121) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:81) at scripts.SiMatrix_1_1424742491_1788840605___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1_1424742491_1788840605___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.survivalRatePerZone(SiMatrix.java) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixAbundance$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:1331) at scripts.SiMatrix_1_309349757__450468485___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:81) at scripts.SiMatrix_1_309349757__450468485___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1_309349757__450468485___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixAbundance(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:459) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) INFO|12:05:08,773|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 126.047 Qu'est-ce que ça veut dire ? Ca marchait très bien, puis j'ai rajouté mon modèle de gravité... Je ne sais pas s'il y a un lien... Loïc

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Conditionner le nom d'un setValue(...) à un choix de population ?
by Loic GASCHE 09 Jan '13

09 Jan '13

Bonjour, Une question : est-il possible de faire en sorte que le nom donné à une variable dans un setValue() soit dynamique en fonction des paramètres choisis et pas fixe ? Par exemple dans mon cas serait-il possible d'avoir quelque chose du genre : context.setValue("TAC_"param_population"_HCR", TacReel) au lieu d'avoir juste context.setValue("TAC_HCR", TacReel) ? Loïc

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Echange de valeurs entre scripts (encore) ?
by Loic GASCHE 07 Jan '13

07 Jan '13

Bonjour les lutins (et les autres) et bonne année ! J'ai toujours un soucis pour faire utiliser une valeur venant d'une règle dans une autre règle. Ici ce que je veux faire est : - Avoir un TAC choisi à l'avance pour 2008,2009 et 2010 (grâce à la règle TACpoidsPop20082011) - Pour les années suivantes avoir une règle permettant de calculer le TAC en fonction des objectifs de gestion fixés (HCR_transition_MSY), cette valeur calculée étant appliquée par TACpoidsPop_pourHCR. Le soucis est que pour mon HCR j'ai besoin de récupérer la valeur du TAC que l'on avait choisie pour 2010, et qu'à priori ça ne marche pas (TAC=0 dans les logs). J'ai essayé pas mal de choses (changer le setValue et le getValue de place,...) mais je ne vois toujours pas d'où vient le problème. Une idée ? PS : s'il y a d'autres éléments faux n'hésitez pas :) !

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pas d'export des resultats...
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 07 Jan '13

07 Jan '13

bonsoir malgre le changement dans le .bat (900M), je n'ai pas d'exports... Voici mon debug Merci Stephanie

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CR rencontres annuelles ISIS-Fish 2012
by Stephanie MAHEVAS 07 Jan '13

07 Jan '13

Chers ISIS-Fishiens, je vous souhaite à tous une excellente année 2013! En prévision d'une année riche de beaux projets et développements autour d'ISIS-Fish, je vous annonce que les prochaines Rencontres Annuelles ISIS-Fish auront lieu à Nantes les 5 et 6 Décembre 2013. Merci de bloquer ces dates dès à présent! Je vous joins le Compte-rendu de nos discussions et le relevé de conclusions des dernières rencontres. Bonne lecture et à bientôt Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '12

31 Dec '12

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Mise à jour de la version de Java utilisée par ISIS-Fish (7)
by Eric Chatellier 21 Dec '12

21 Dec '12

Bonjour, Le support du JDK 6 s'arrêtera en février 2013, les mises à jour ne seront plus assurées [1]. Nous encourageons donc les utilisateurs d'ISIS-Fish à anticiper l'arrêt de ce support et à passer à la version 7 [2]. Une prochaine mise à jour d'ISIS-Fish (probablement 4.3.x.x) imposera au minimum une version 7 pour continuer à fonctionner. Cordialement, Eric Chatellier. [1] : https://blogs.oracle.com/henrik/entry/java_6_eol_h_h [2] : http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Documentation sur les règles
by Eric Chatellier 20 Dec '12

20 Dec '12

Bonjour, J'ai ajouté un début de doc sur les règles à cette adresse: http://www.isis-fish.org/v4/user/scripts/rules.html -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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