- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Problème de suppression des variables des zones ?
by Loic GASCHE 12 Nov '13

12 Nov '13

Bonjour, J'ai la très nette impression qu'il y a un problème dans la gestion des variables que l'on crée pour les différentes zones dans ISIS. En effet, quand on supprime une de ces variables elle disparait de la liste des variables de la zone. Mais si on revient voir la liste des variables après avoir sauvegardé (et changé de zone, d'onglet ou même avoir fermé et relancé ISIS), on se rend compte que les variables supprimées apparaissent de nouveau dans la liste. Ces variables apparaissent en bas de la liste des variables, comme des variables nouvellement créées. Les variables ne semblent réellement supprimées que si on supprime toutes les variables créées pour une zone donnée et qu'on en crée de nouvelles. C'est peut-être encore juste un problème de variable qui est visible alors qu'elle a bien été supprimée ? Dans tous les cas c'est vraiment étrange et pas très pratique de devoir supprimer toute sa liste pour supprimer juste une variable. Loïc

1 0

java.lang.NullPointerException, at rules.ZoneBenthos.aw$original$_AW_$postAction$_AW_$rules_ZoneBenthos(ZoneBenthos.java:167)
by Loic GASCHE 07 Nov '13

07 Nov '13

Bonjour, Encore une erreur dont je n'arrive pas à trouver la cause... J'ai modifié le script d'Eric ZoneGranularite pour faire un script ZoneBenthos qui fait baisser une abondance de benthos. Pour le moment j'ai fait au plus simple avec juste une population, un groupe de benthos et une abondance qui ne fait que diminuer. Quand je fais tourner ce script j'ai systématiquement l'erreur suivante: ERROR|14:30:24,088|InProcessSimulatorLauncher.java|435|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException at rules.ZoneBenthos.aw$original$_AW_$postAction$_AW_$rules_ZoneBenthos(ZoneBenthos.java:167) at rules.ZoneBenthos_1_1570495407__1425452818___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.makeTimedCall(RuleAspect.java:126) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.initPostCall(RuleAspect.java:105) at rules.ZoneBenthos_1_1570495407__1425452818___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at rules.ZoneBenthos_1_1570495407__1425452818___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at rules.ZoneBenthos.postAction(ZoneBenthos.java) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:267) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) INFO|14:30:24,138|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 45.371 Le problème est qu'à la ligne 167 de mon script je n'ai que ça : MatrixND Ctot = C.sumOverDim(0); // Somme sur toutes les strategies Je me suis rendu compte que la matrice que j'utilise pour le moment (car l'export est fait par zone métier), MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_MET est présente dans ResultName mais qu'il n'y a pas d'export de cette matrice dans ISIS (on exporte la matrice par zone pop uniquement). Est-ce que le problème vient de là ?

2 4

Plantage de simus selon la population, NullPointerException getRecruitment
by Loic GASCHE 07 Nov '13

07 Nov '13

Bonjour, Je tente de faire tourner quelques simulations pour tester une nouvelle base et des scripts que nous sommes entrain de créer. Je définis 6 populations, 3 pour la sole et 3 pour la plie, qui couvrent 3 zones différentes en Manche. Suivant la population sur laquelle je choisis de faire tourner la simulation soit elle tourne correctement soit elle plante. En particulier les simulations plantent systématiquement avec une population pour la sole (Sole_7D_Solent) et avec une population pour la plie (Plie_7D_Somme) alors qu'avec les autres populations (Sole_7D_Somme, Sole_7D_Seine, Plie...) tout tourne. Le message d'erreur est toujours le même : ERROR|18:00:35,284|InProcessSimulatorLauncher.java|435|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor.getRecruitment(PopulationMonitor.java:235) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:422) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) INFO|18:00:35,334|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 9.785 J'ai essayé de trouver des différences entre la manière dont sont définies ces différentes populations dans ma base mais je n'ai rien trouvé. Une idée de la cause de cette erreur ? Loïc

3 12

Faire des cellules de 0.125 degrés de côté ?
by Loic GASCHE 24 Oct '13

24 Oct '13

Bonjour, En reprenant ma base, où ma zone est normalement découpée en cellules de 0.125 degrés de côté, je me suis aperçu que les cellules composant mes zones sont beaucoup plus grosses que 0.125*0.125 (elles font 0.25*0.25, soi 1/8 rectangle statistique). Pour tenter de voir d'où venait le problème j'ai créé une nouvelle zone, devant avoir des cellules de 0.125 de côté. Si on regarde la carte de la zone dans son intégralité les cellules ont la bonne taille. Si par contre on regarde les mailles composant la zone, on se retrouve avec des mailles affichées faisant 0.25 degrés de côté. Il semble que dans la liste de gauche les mailles sont définies avec la bonne taille (0.125), mais plusieurs mailles adjacentes sont considérées comme étant une même maille sur la carte. Une idée de la cause du problème ? Loïc

3 5

Reunion des utilisateurs 5-6 decembre 2013 à Nantes
by Stephanie MAHEVAS 17 Oct '13

17 Oct '13

Bonjour à tous je vous rappelle que la réunion annuelle des utilisateurs ISIS-Fish se tiendra les 5 et 6 décembre prochains à Nantes. *AVANT le 25/10: Pour les Ifremeriens, merci d'engager vos missions (A060720).** **Pour les autres qui souhaiteraient venir, merci de me dire si vous avez besoin que l'on prenne en charge vos frais de déplacements.* je reviendrai vers vous pour l'ODj la fin de semaine prochaine. Amitiés Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

3 2

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '13

30 Sep '13

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

1 0

out of Memory / vitesse de simulation
by Sigrid LEHUTA 17 Sep '13

17 Sep '13

salut, merci pour vos réponses concernant les différences de vitesse de simulation sur 2 ordis équivalents. Il se trouve en fait que je faisais tourner la même base mais pas les mêmes espèces et l'une d'elles (la sole) est bcp plus lente. Pourtant elle a seulement 5 zones pop contre 3 pour l autre espèce plus rapide... mystere. Le check de la pecherie ne révèle pas d erreur. j ai aussi eu, tjs pour la sole (pas de pb avec les autres sp), un plan d exp sequentiel stoppé a 15 simus pour "out of memory" (cf log ci dessous). je suis en 32 bits comme suggere par Benjamin et J'avais modifié les options pour utiliser BigMappedVector comme suggeré par Eric mais je ne suis pas sure que ca ait ete pris en compte étant donné le log: "at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46)". Je joints la base au cas ou l'un de vous voudrait s'y pencher. Merci d'avance de vos pistes d amélioration. at scripts.SiMatrix_1__868283490_809066700___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerCell(SiMatrix.java) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:330) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__594510243_443471776___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:452) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:216) at simulators.SimulatorEffortByCell.simulate(SimulatorEffortByCell.java:51) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.GeneratedConstructorAccessor155.newInstance(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source) at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Unknown Source) at org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.createVector(MatrixFactory.java:240) ... 25 more Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector.<init>(DoubleBigVector.java:46) ... 29 more INFO|20:29:08,788|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 6148.380 -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Post-doctoral research associate Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER Boulogne sur Mer 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) Fax : 03 21 99 56 01 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. Saltelli.

3 6

manip de matrices
by Sigrid Lehuta 05 Sep '13

05 Sep '13

Hola, je cherche un specialiste de matrixND... j ai une matrice 3D [mois,str,met] que je veux remplir avec une serie de matrices 2D. chaque matrice 2D est [str, met] et correspond a un mois. j'aurais bien fait un int [] pos = {0,0,0}; mat3D.getSubMatrix(0,mois).paste(pos,mat2D_mois); mais getSubMatrix renvoit une nouvelle matrice... est ce que int [] pos = {mois,0,0}; mat3D.paste(pos,mat2D_mois); functionnerait? Ai je une alternative a la boucle sur chaque element? Merci!

1 0

Re: [Isis-fish-users] file not found exception
by Eric Chatellier 03 Sep '13

03 Sep '13

Le 03/09/2013 10:35, sigridlehuta(a)gmail.com a écrit : > [[PAGE_NAME]] > Le fichier est dur à lire, mais il ne semble pas contenir d'erreur qui expliquerais le bug. Que contient le dossier 'sim_Cal_PleAge2+_2013-09-02-19-02_13' ? -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

2 3

file not found exception
by sigridlehuta＠gmail.com 03 Sep '13

03 Sep '13

1 0