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Re: [Isis-fish-users] Accès via recrutement_input aux biomasses et abondances du begin_month
by Eric Chatellier 13 Apr '22

13 Apr '22

Le 13/04/2022 à 11:15, pablo vajas a écrit : > Bonjour, > > Excusez moi, j'ai du mal à formuler ma question. > > Dans le mail précédent, je vous ai mis un bout de code nous permettant de > récupérer la biomasse après le recrutement pour l'implémenter au pas de temps > suivant. > Par recrutement intput je pense que je parlais de cette fonction > "recruitmentInputs.get(0)". Nous, dans notre cas, nous avions besoin d'appeler > ce rectrutementInputs dans le pas de temps begin month. Ainsi une telle > fonctionne nous économiserait le détour que nous avons codé pour arriver à > cette fin. Ma question est de savoir s'il est possible de récupérer le > recrutement input begin month via une fonction, et/ou si une telle fonction > pourrait être implémentée s'il vous plaît. J'ai mis du temps à comprendre ... 😁 Il me manquait le contexte. Vous êtes dans l'equation de recrutement et cette equation reçoit en parametre une map de RecruitmentInput par population. Sur ces RecruitmentInput, la biomass et l'abondance son disponibles. Effectivement, on pourrait rajouter d'autres choses, mais pour MatrixAbundanceBeginMonth, et MatrixBiomassBeginMonth je ne sais pas. Déjà, MatrixAbundanceBeginMonth et MatrixBiomassBeginMonth ne sont pas calculés tout le temps, disponibles suivant les résultats sélectionnés. Les rajouter dans tous les cas pourrait avoir une incidence sur les temps de simulation par exemple. Ensuite, dans le simulateur: * le recrutement est calculé (via l'equation) * la mortallité naturelle s'applique * le recrutement est ajouté à la biomasse * enfin, MatrixAbundanceBeginMonth et MatrixBiomassBeginMonth sont calculés Pour avoir MatrixAbundanceBeginMonth et MatrixBiomassBeginMonth lors du recrutement, il faudrait changer l'ordre des calculs, et on n'aurait potentiellement pas les mêmes données ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Accès via recrutement_input aux biomasses et abondances du begin_month
by pablo vajas 13 Apr '22

13 Apr '22

Bonjour les Lutins, Nous avons une petite question pour vous, Nous avons codé dans la partie « recrutement » un modèle global tel que : *// Valeurs du modèle d'évaluation* *double* r = 0.18; *double* K = 6331; *//double biom = recruitmentInputs.get(0).getBiomass().sumAll(); // zone x group* String name = "MatrixBiomassBeginMonth"; TimeStep dat = *new* TimeStep (step.getStep() -12); MatrixND biomMat = context.getResultManager().getMatrix(dat,pop,name) .copy(); *double* biom = biomMat.sumAll(); *// attention il faut avoir sélectionné le résultat "beginmonth"* log.info("lavaleurbiomasse" + biom) ; *double* res=0; PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); res = (biom+(r*biom*(1-(biom/K))))/g0.getMeanWeight(); *// return un nombre d individus et pas une biomasse* *for*(Zone z : pop.getRecruitmentZone() ){ result.setValue(g0,z,res); } *return* 0; Ici nous avons dû coder "MatrixBiomassBeginMonth" pour avoir accès à la biomasse après le recrutement. Serait-il possible d’avoir accès via recrutement_input aux biomasses et abondances du begin_month s'il vous plait ? En quelque sorte de pouvoir invoquer un « recrutement_input_begin_month » Nous vous remercions, Cordialement, Pablo

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '22

31 Mar '22

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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changement d'échelle rectangle statistique
by pablo vajas 07 Mar '22

07 Mar '22

Bonjour, Je suis confronté à une difficulté dans ISIS. Je joins dans ce mail trois impressions d'écran. Je voudrais changer l’échelle de la résolution spatiale du rectangle statistique (résolution spatiale : lat. 0.5, long.1.0) au 1/16 du rectangle (lat. 0.125, long. 0.25). Cependant lorsque je réalise cette manipulation les cellules sélectionnées sont isolées alors que je pensais que l’ensemble des nouvelles cellules issues de l’ancienne plus grande allaient être sélectionnées. [image: rectangle.png] [image: 1_16_rectangle.png] De plus dans la partie cellule, il semblerait qu’elles ne soient pas contiguës et je ne sais pas si c’est important (dans l’exemple j’ai sélectionné deux cellules côte à côte dans la partie « cellule de la zone » mais séparé d’une cellule sur la carte. Cette cellule apparaît plus en haut dans la partie « cellule de la zone »). [image: cellules_non_contigues.png] Merci, Pablo

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Echec de lancement 4.4.7.x
by pablo vajas 04 Mar '22

04 Mar '22

Bonjour, Je n'arrive pas à lancer la version 4.4.7.0 et 4.4.7.1 malgré la mise à jour de java : IsisFish a détecté une erreur : ISIS-Fish a détecté une erreur d'utilisation des scripts. Le dossier de compilation a été supprimé pour forcer la recompilation. Merci de relancer ISIS-Fish. Auriez-vous une solution s'il vous plaît ? Merci, Pablo Voici quelques sorties : *fichier.bat* *4.4.6.0* @echo off :: Uncomment to easy configure memory for ISIS-Fish :: SET MEMORY="-Xmx2048M" :: Uncomment to easy configure R for ISIS-Fish :: SET R_HOME=C:\Program Files\R\R-3.6.2 echo [Script] Isis starting... java %MEMORY% -jar isis-fish-4.4.6.0.jar %* > debug.txt 2>&1 *Pour les versions d'après : " if exist isisfish.jri " semble avoir été ajouté, mais je ne comprends pas à quoi correspond cet objet. * *4.4.7.0* @echo off :: Uncomment to easy configure memory for ISIS-Fish :: SET MEMORY="-Xmx2048M" set /p JAVA_LIBRARY_PATH=<isisfish.jri echo [Script] Isis starting... java %MEMORY% %JAVA_LIBRARY_PATH% -jar isis-fish-4.4.7.0.jar %* > debug.txt 2>&1 *4.4.7.1* @echo off :: Uncomment to easy configure memory for ISIS-Fish :: SET MEMORY="-Xmx2048M" if exist isisfish.jri ( set /p JRI_PATH=<isisfish.jri echo Using JRI from path : %JRI_PATH% set JAVA_LIBRARY_PATH="-Djava.library.path=%JRI_PATH%" ) echo [Script] Isis starting... java %MEMORY% %JAVA_LIBRARY_PATH% -jar isis-fish-4.4.7.1.jar %* > debug.txt 2>&1 *erreur lors de l'ouverture du 4.4.7.1* at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$2.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.awt.WaitDispatchSupport.enter(Unknown Source) at java.awt.Dialog.show(Unknown Source) at java.awt.Component.show(Unknown Source) at java.awt.Component.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Window.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Dialog.setVisible(Unknown Source) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane$1.run(JXErrorPane.java:398) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane.showDialog(JXErrorPane.java:411) at fr.ifremer.isisfish.util.ErrorHelper.showErrorDialog(ErrorHelper.java:76) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.lambda$launchUI$0(IsisFish.java:670) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.processException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: java.net.URISyntaxException: Malformed escape pair at index 1975: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues/new?issue[description… at java.net.URI$Parser.fail(Unknown Source) at java.net.URI$Parser.scanEscape(Unknown Source) at java.net.URI$Parser.scan(Unknown Source) at java.net.URI$Parser.checkChars(Unknown Source) at java.net.URI$Parser.parseHierarchical(Unknown Source) at java.net.URI$Parser.parse(Unknown Source) at java.net.URI. (Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.ErrorHelper.reportError(ErrorHelper.java:134) ... 57 more

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impossible d obtenir la liste des strategies
by Sigrid LEHUTA 03 Mar '22

03 Mar '22

Bonjour j'essaie de faire retourner une simu lancée par Anh sur son pc mais quand je la recharge j'ai cette erreur. Une idee du probleme ? merci. Sigrid org.nuiton.topia.TopiaException: Une erreur est apparue pendant la demande de transaction : Unable to acquire JDBC Connection at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.beginTransaction(TopiaContextImpl.java:727) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.getStrategies(ParamsHandler.java:698) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.setListSimulParamsStrategiesItems(ParamsHandler.java:586) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.lambda$refresh$1(ParamsHandler.java:163) at java.desktop/java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:318) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:771) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:722) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:716) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:399) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:86) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:741) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:117) at java.desktop/java.awt.WaitDispatchSupport$2.run(WaitDispatchSupport.java:191) at java.desktop/java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(WaitDispatchSupport.java:236) at java.desktop/java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(WaitDispatchSupport.java:234) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:318) at java.desktop/java.awt.WaitDispatchSupport.enter(WaitDispatchSupport.java:234) at java.desktop/java.awt.Dialog.show(Dialog.java:1080) at java.desktop/java.awt.Component.show(Component.java:1728) at java.desktop/java.awt.Component.setVisible(Component.java:1675) at java.desktop/java.awt.Window.setVisible(Window.java:1036) at java.desktop/java.awt.Dialog.setVisible(Dialog.java:1016) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane$1.run(JXErrorPane.java:398) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane.showDialog(JXErrorPane.java:411) at fr.ifremer.isisfish.util.ErrorHelper.showErrorDialog(ErrorHelper.java:76) at fr.ifremer.isisfish.util.ErrorHelper.showErrorDialog(ErrorHelper.java:95) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.getStrategies(ParamsHandler.java:706) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.setListSimulParamsStrategiesItems(ParamsHandler.java:586) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.lambda$refresh$1(ParamsHandler.java:163) at java.desktop/java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:318) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:771) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:722) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:716) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:399) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:86) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:741) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90) Caused by: org.hibernate.exception.JDBCConnectionException: Unable to acquire JDBC Connection at org.hibernate.exception.internal.SQLExceptionTypeDelegate.convert(SQLExceptionTypeDelegate.java:48) at org.hibernate.exception.internal.StandardSQLExceptionConverter.convert(StandardSQLExceptionConverter.java:37) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:113) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:99) at org.hibernate.resource.jdbc.internal.LogicalConnectionManagedImpl.acquireConnectionIfNeeded(LogicalConnectionManagedImpl.java:111) at org.hibernate.resource.jdbc.internal.LogicalConnectionManagedImpl.getPhysicalConnection(LogicalConnectionManagedImpl.java:138) at org.hibernate.resource.jdbc.internal.LogicalConnectionManagedImpl.getConnectionForTransactionManagement(LogicalConnectionManagedImpl.java:276) at org.hibernate.resource.jdbc.internal.LogicalConnectionManagedImpl.begin(LogicalConnectionManagedImpl.java:284) at org.hibernate.resource.transaction.backend.jdbc.internal.JdbcResourceLocalTransactionCoordinatorImpl$TransactionDriverControlImpl.begin(JdbcResourceLocalTransactionCoordinatorImpl.java:246) at org.hibernate.engine.transaction.internal.TransactionImpl.begin(TransactionImpl.java:83) at org.hibernate.internal.AbstractSharedSessionContract.beginTransaction(AbstractSharedSessionContract.java:503) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.beginTransaction(TopiaContextImpl.java:713) ... 43 more Caused by: java.sql.SQLTransientConnectionException: HikariPool-1 - Connection is not available, request timed out after 20001ms. at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.createTimeoutException(HikariPool.java:676) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.getConnection(HikariPool.java:190) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.getConnection(HikariPool.java:155) at com.zaxxer.hikari.HikariDataSource.getConnection(HikariDataSource.java:100) at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.getConnection(HikariCPConnectionProvider.java:77) at org.hibernate.internal.NonContextualJdbcConnectionAccess.obtainConnection(NonContextualJdbcConnectionAccess.java:38) at org.hibernate.resource.jdbc.internal.LogicalConnectionManagedImpl.acquireConnectionIfNeeded(LogicalConnectionManagedImpl.java:108) ... 50 more -- NB : Please note that I do not work on Wednesdays Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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ajouter un nouveau resultat
by Sigrid LEHUTA 02 Mar '22

02 Mar '22

Hello j ai cree une nouvelle matrice de resultat (ajoutée dans resultInfos) et qui est cree et remplie dans une regle. ca a marché dans une autre regle mais cette fois la matrice apparait dans la liste deroulante des results dans l interface mais elle est vide (pas de dimensions). je ne vois pas ce que j ai mal fait. peux tu m aider ? Merci ! pj ligne 214 et 271 -- NB : Please note that I do not work on Wednesdays Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Rule cantonnement sans engin
by Sigrid LEHUTA 01 Mar '22

01 Mar '22

Hello il me semlait qu on pouvait utiliser cantonnement sans engin cible (param_gear = null) et ainsi elle s appliquait a tous les engins cependant isis nous rempli automatiquement le champ apres ajout de la regle. Comment faire ? Merci ! -- NB : Please note that I do not work on Wednesdays Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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utiliser matrixToWeightMatrix dans une regle
by Sigrid LEHUTA 01 Mar '22

01 Mar '22

Hello j aurais aimé utiliser la methode matrixToWeightMatrix dans le post action d une regle mais je dois mal m y prendre. Voici mes 2 essais qui ne compilent pas. Merci ! Essai 1 SiMatrix siMatrix = newSiMatrix(context); MatrixND matW = matrixToWeightMatrix(step, 2, TMP, mat); Essai 2 MatrixND matW = SiMatrix.matrixToWeightMatrix(step, 2, TMP, mat); erreur : Cannot make a static reference to the non-static method matrixToWeightMatrix(TimeStep, int, String, MatrixND) from the type SiMatrix -- NB : Please note that I do not work on Wednesdays Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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modifier catch en post-action ?
by Sigrid LEHUTA 28 Feb '22

28 Feb '22

Hello (encore et toujours moi!) J'ai voulu modifié la matrice de capture en post action (diminuer les captures). Ca n a pas marché. Peux tu regardé ce que j ai mal fait ? Merci ! -- NB : Please note that I do not work on Wednesdays Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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