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Re: [Isis-fish-user] Importation carte
by Benjamin POUSSIN 18 Jun '09

18 Jun '09

On Wed, 17 Jun 2009 12:14:08 +1100 "Bastien Preuss" <Bastien.Preuss(a)noumea.ird.nc> wrote: > Jai le fichier .shp, limportation semble fonctionner, mais après, la carte > ne saffiche pas (mais celle par défaut a disparue). Normalement il y a deux fichiers pour les cartes, un fichier shp mais aussi un fichier ssx et il faut les deux pour que ca marche :) -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Isis-fish-user] Error methode populateRule
by Sigrid LEHUTA 18 Jun '09

18 Jun '09

Bonjour, Dans un plan d'analyse j'ai la méthode suivante (qui marchait en 3.1.3): private Rule getRule(RegionStorage regionStorage, String name, int simulation) throws Exception { File dir = new File(param_directory); Properties prop = new Properties(); prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name+".txt")))); int ligne = simulation + param_first; int mod = (int)matrix.getValue(ligne , name); String ruleName = prop.getProperty(""+mod); System.out.println("ruleName : "+ ruleName); RuleStorage ruleStorage = RuleStorage.getRule(ruleName); Rule rule = ruleStorage.getNewRuleInstance(); RuleHelper.populateRule(mod, regionStorage, rule, prop); return rule; } et en vérifiant le code dans la 3.2.0.5 j ai l erreur suivante : populateRule(int,org.codelutin.topia.TopiaContext,fr.ifremer.isisfish.rule.Rule,java.util.Properties) in fr.ifremer.isisfish.rule.RuleHelper cannot be applied to (int,fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage,fr.ifremer.isisfish.rule.Rule,java.util.Properties) RuleHelper.populateRule(mod, regionStorage, rule, prop); Pourtant dans l'api c'est écrit que la méthode demande un regionStorage, et avant ca marchait.... Pouvez vous m'aider ? Merci d'avance Sigrid -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

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[Isis-fish-user] Pièce jointe erreur importation carte
by Bastien Preuss 17 Jun '09

17 Jun '09

Voici la pièce jointe. Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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[Isis-fish-user] Importation carte
by Bastien Preuss 17 Jun '09

17 Jun '09

Bonjour, Jessaie dimporter un fond de carte. Jai le fichier .shp, limportation semble fonctionner, mais après, la carte ne saffiche pas (mais celle par défaut a disparue). Jai essayé de fermer puis rouvrir, mais ça ne change rien. Je mets le fichier Debug que je ne comprends pas encore bien en pièce jointe, si quelquun comprend doù vient le pb. Merci Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-user] plan D-optimal
by Hilaire Drouineau 10 Jun '09

10 Jun '09

Salut, J'avais utilisé SAS pour construire mon plan D-optimal, car R ne le permettait pas à l'époque (je sais pas si c'est le cas maintenant?). J'avais choisi 320 simulations car cette valeur correspondait à un palier de D optimalité (le critère qu'on optimise pour un plan D optimal) ce qui signifiait qu'en rajoutant des simulations, je gagnais peu d'information. Par contre, je serais bien incapable de te donner plus d'information sur la procédure SAS, c'est la seule fois que j'ai eu l'occase d'y toucher et j'ai pas noté le bout de code que j'avais utilisé. Pour le codage du plan de simulation, en fait j'en ai pas fait: j'avais effectivement un plan de simulation codé pour l'analyse de sensibilité, mais pour les mesures de gestion, vu que je ne voulais pas changer de valeurs, j'avais juste utiliser les queues de simulation. A+ Hilaire Le 10 juin 2009 09:50, chirine HUSSEIN <m475chi(a)yahoo.fr> a écrit : > Bonjour, > > > > Excusez-moi pour ce message si cela te dérange* ; *mais j'ai un petit > souci à comprendre des choses dans ton article de 2006(Assessing the > impact of different management options using ISIS-Fish_: the French > Merluccius merluccius – Nephrops norvegicus mixed fishery of the Bay of > Biscay) que je n'arrive pas à me débarrasser. > > > > C’est dans la parti simulation des scenarios des gestions, je n’arrive pas > à comprendre comment vous as sélectionné les 320 simulations parmi les 1521, > est-ce que tu as bien utilisé le logiciel R pour le D-optimal ? Si oui ; > quelle fonction, et dans quelle structure ?des > > > > D’autre chose, comment as-tu codé le plan de simulation, je sais que > c’était sur un enceint version de ISIS (1.5), mais juste pour jeter un œil > dessus ? > > > > Je te remercie pour l’avance. > > A + > > Chirine > > > >

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[Isis-fish-user] LOGO isis
by Stephanie MAHEVAS 09 Jun '09

09 Jun '09

Bonjour Voici une proporistion de 3 logos pour ISIS-Fish Merci de nous donner votre tiercé avant jeudi prochain! Bonne journée Sigrid + Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[Isis-fish-user] Wiki : autorisation de modifier une page
by Sigrid LEHUTA 29 May '09

29 May '09

Bonjour tout le monde, Chirine a apparement un probleme de connexion au wiki. Savez vous pourquoi ? je transferts son mail. Chirine as tu bien créé ton compte à partir de cette adresse ? http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -------- Message original -------- Sujet: Re : stocker un fichier sur le wiki Date: Fri, 29 May 2009 09:08:08 +0000 (GMT) De: chirine HUSSEIN <m475chi(a)yahoo.fr> Pour: Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> Références: <440288.94022.qm(a)web24502.mail.ird.yahoo.com> <4A1EB04D.90206(a)ifremer.fr> Salut sigrid, merci pour l'infos, mais apparemment j'ai un problème de connexion wiki (toujours il y a le message Nom d'utilisateur ou mot de passe erroné ), j'ai demandé le mot de passe mais toujours je ne reçois rien sur mon mail de connecion) , quand j'essaie d'ouvrir l'editeur de wiki, il y a toujours le message (Vous n'êtes pas autorisé à modifier cette page). à + chirine ------------------------------------------------------------------------ *De :* Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> *À :* chirine HUSSEIN <m475chi(a)yahoo.fr> *Envoyé le :* Jeudi, 28 Mai 2009, 17h39mn 57s *Objet :* Re: stocker un fichier sur le wiki Salut Chirine, c'est une bonne idée ! Précise bien au dessus de ton script que c'est un script R (et pas java) pour le traitement des résultats de simulation. Pour le stoquage, je ne comprends pas exactement le fonctionnement non plus ! Mais pour charger un fichier, tu ouvres l editeur du wiki (icone bulle) à l endroit ou tu veux inserer le lien, et tu tapes : [[attachment:nomDuFichier.txt|Script en R pour le traitement des sorties]] la partie avant le "|" c est le nom de ton fichier, la partie apres le "|" c est ce qui apparaitra dans le wiki, tu peux ecrire ce que tu veux. tu enregistres. ensuite tu cliques sur ton lien (qui apparait en rouge). Une page apparait ou tu peux charger ton fichier. Je crois qu'il faut qu il garde le même nom que celui que tu lui as donner dans le lien (ici : nomDuFichier.txt). Je pense que ca devrait fonctionner. A++ chirine HUSSEIN a écrit : > salut sigrid, > > Je voudrais stocker sur le wiki les fichiers R et instructions > interessantes pour les utilisateurs ce qui concernt l'importation les > resultats des simulation d'un plan d'analyse. Cepndant,je n'arrive pas > à trouver comment ça fonctione (le stockage). peus-tu me un coup de > main ou bien je t'envoie le fichier ? > > merci > > à + > > chirine > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65 -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

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[Isis-fish-user] plan d'analyse
by chirine HUSSEIN 27 May '09

27 May '09

Bonjour, J’ai un petit souci avec les simus de l’analyse de sensibilité, et je n'arrive pas à comprendre d’où vient le problème. Je lance les simus (256 sims), mais à cause de problème de mémoire, j’ai arrêté le plan et recommencer à partir de la ligne de la matrice d’expérience où le plan est arrêté, mais les sims ne marche plus (message d’erreur l’élément {0} demandé n’existe pas dans la matrice [256,9]). Autre problème, dans les résultats, par fois il n'y a pas de différences...je trouve les mm valeurs d’abondance, de biomasse et des captures pour certains sims, ce qui n'est pas trop normal. J’ai vérifié les lignes correspondantes dans la matrice et elles ne sont pas identiques !! Je vous envoie le fichier d’erreur Merci d’avance chirine

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[Isis-fish-user] Pas de différences de résultats dans les simus avec ou sans réglementation
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr 19 May '09

19 May '09

Salut les ISISiens, j'ai un petit soucis avec les simus, et je n'arrive pas à comprendre ce qui coince. Je lance une simu sans réglementation pour voir l'évolution "normale" de ma pop., puis des simus avec réglementation (comme par exemple certaines zones en cantonnement, ou taille limite de capture etc etc etc). Cependant, dans les résultats, il n'y a pas de différences...je trouve les mm valeurs d'abondance (entre autres) qu'il y ait une réglementation ou non.... Ce qui n'est pas trop normal.... Si par exemple je ferme une zone à la pêche : je peux vérifier qu'avec réglementation, les captures dans cette zone sont nulles. Par contre, pas de changement d'abondances au cours du temps...bizarre, bizarre.... Y a-t-il un souci de correspondances entre les zones? Ou qqch ds le script à modifier? merci delph

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[Isis-fish-user] Probleme importation automatique de fichier sous R
by chirine HUSSEIN 18 May '09

18 May '09

Bonjour à tous, Nous avons un petit probleme sous R. Nous voulons importer 256 fichiers de Biomasse, par exemple, qui contiennent les resultats de simulations. Seul le numero du nom du repertoire de la simulation change dans le chemin d'acces au fichier. Savez-vous comment on pourrait automatiser la procedure d'importation de ses fichier dans R, sans avoir a repeter 256 fois la ligne de commande d'importation ? Par exemple au moyen d'un boucle for et envoyer les resultats dans une liste ? ------------------------------------------------------------ Exemple de commandes, non automatises : BIOM[[1]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_0\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) BIOM[[2]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_1\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) . . . BIOM[[256]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_256\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) ---------------- Exemple de programme qui permettrait d'automatiser (Non focntionnal car il reste un seul probleme : le numero du nom du repertoire doit changer de maniere automatique (comment introduire une sorte d'indice i) for (i in 1:nrow(SumBIOM)) { BIOM[[i]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_1\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) } Merci d'avance

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