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Repartition du recrutement dans une population male/femelle
by Jessica Andre 15 May '11

15 May '11

Bonjour, J'ai une population structurée en longueur avec les 15 premiers groupes représentant les males et les 15 autres les femelles. La reproduction s'effectue sur 4 mois. Comme je n'ai pas d'équation stock-recrutement, je fourni le nombre de recrus chaque année directement dans l'équation de reproduction : ------------------------------------------------------------------------------------------------- int recruit = 0; int currentYear = context.getSimulationControl().getDate().getYear(); // recruitement of males (Age 0=recruit) has both male and female recruits. // They are then split in the transition tables (0.5 goes to female recruits=Age15) if (currentYear==0) recruit=28242;//Year1=1998 else if (currentYear==1) recruit=30735;//Year1=1999 else if (currentYear==2) recruit=128069;//Year2=2000 else if (currentYear==3) recruit=133271;//Year3=2001 else if (currentYear==4) recruit=66466;//Year4=2002 else if (currentYear==5) recruit=136641;//Year5=2003 else if (currentYear==6) recruit=97484;//Year6=2004 else if (currentYear==7) recruit=118732;//Year7=2005 else if (currentYear==8) recruit=51677;//Year8=2006 else if (currentYear==9) recruit=57565;//Year9=2007 else recruit=40947;//Year10=2008 for (Zone zone : zoneRepro){ result.setValue(zone, recruit/4);//4 corresponds to the 4 months of reproduction } return 0; -------------------------------------------------------------------------------------------------------- En conséquence, mes recrus s'effectuent bien sur 4 mois avec ¼ du recrutement annuel par mois de reproduction, mais elles sont toute dans le groupe Age0 qui correspond aux recrus males seulement. Je veux que la moitie de ces recrus aillent dans le groupe Age15 qui correspondent aux recrus femelles. Je ne vois pas comment le faire depuis l'équation alors j'ai tenté de le faire depuis la matrice de transition dans l'onglet saison, en mettant durant la saison de reproduction une transition de 0.5 de l'Age0 a l'Age0 et 0.5 de l'Age 0 a l'Age15. Ca me séparent bien les recrus mais pas comme il faut (recrutement des femelles est décalé d'un mois, le nombre de recrus n'est pas reparti selon mes attentes) Alors je me re-pose la question : comment est-ce-que je réparti correctement mes recrus entre males et femelles ? Merci d' avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Lancement de R sous ISIS
by Paul MARCHAL 05 May '11

05 May '11

Bonjour, Je dois participer à un atelier dans 2 semaines, au cours duquel je dois coupler une règle développée dans ISIS avec un programme écrit en R par les collègues avec qui je dois travailler. Le couplage doit se faire comme suit: au début de chaque année, j'envoie des données issues de mes simulations au programme en R qui les traite et me renvoie des résultas qui alimentent mon propre script, et ainsi de suite. Je pense qu'il faudrait que je puisse lancer le programme en R depuis mon script. Comment puis procéder? Merci pour vos réponses Paul -- Paul Marchal IFREMER RBE/HMMN 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal(a)ifremer.fr

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pb au lancement de isis3.3.0.8 et pas de debug.txt
by Stephanie MAHEVAS 03 May '11

03 May '11

Bonjour isis ne se lance pas, j'ai vu dans la fenetre DOS qu'il y avait un message d'erreur mais pas de debug de creer.... merci de votre aide stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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diminution de l'abondance toujours inexpliquée
by camille de la Vega 21 Apr '11

21 Apr '11

La simulation tourne bien pendant les 10 ans sur la base simplifiée croissance mais la diminution de l'effectif la première année ne devrait pas être là. Pourquoi l'abondance diminue comme ça à l'année 0? Camille

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Re: [Isis-fish-users] diminution de l'abondance toujours inexpliquée
by Bastien Preuss 20 Apr '11

20 Apr '11

OK, super. Merci Eric. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mercredi 20 avril 2011 20:14 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] diminution de l'abondance toujours inexpliquée Le 20/04/2011 10:52, camille de la Vega a écrit : > Ba non j'ai pas d'émigration.... J'ai re vérifié : j'ai pas de mortalité > naturelle, pas de pêche, pas d'émigration. J'envois la base en copie si tu > veux regarder. Les changements d'effectifs s'expliquent par la matrice de changement de groupe (CA). 100000 * 0.0332281366164852 = 3322.8136616485203 On retrouve bien l'abondance pour mars 0. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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lenteur saisie zone
by Bastien Preuss 20 Apr '11

20 Apr '11

Bonjour, Je reviens sur un problème déjà évoqué il y a pas mal de temps: la lenteur du programme lors de la saisie des zones avec bcp de mailles. Je suis en train de modifier mes zones (qui ont bcp de mailles), et c’est très très long… Il me faut attendre plusieurs minutes après avoir cliqué sur une mailles ! Autant dire qu’il faut plusieurs heures pour modifier ou créer une zone avec bcp de mailles. Je me demande à quoi cela est-il dû, et s’il n’y a pas un moyen d’améliorer cela, en modifiant quelques paramètres de l’ordi ou autre par exemple? Dans le .bat, j’ai essayé d’augmenter la mémoire allouée à ISIS, mais ça n’a rien changé. J’ai aussi essayer de configurer les options Windows pour augmenter les performances de calcul, et ça n’a rien changé non plus. Pourtant mon ordi est plutôt puissant (i7 quad cœurs). S’il y a des astuces je suis preneur ! Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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1 solution
by camille de la Vega 19 Apr '11

19 Apr '11

Je suis désolée, j'ai envoyé un mail trop vite : J'ai rempli la matrice de distribution du recrutement avec des 0 et la simulation a marché. Et j'ai bien reçu la réponse sur mon adresse, ça a juste mis un peu de temps à arriver ! Camille

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log info
by camille de la Vega 19 Apr '11

19 Apr '11

Re, Je n'ai pas reçu le mail de réponse sur mon adresse. Stephanie me l'a transmis. Pourtant je suis sur la liste ?! Le log info a marché. Et le M était bien égal à 0 partout. Je ne sais donc toujours pas d'où vient le problème. J'ai re testé la croissance sur une base encore plus simplifiée mais la simulation s'arrête au premier mois et je ne comprends pas pourquoi... Camille

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abondance qui diminue alors qu'il n'y a pas de mortalité !
by camille de la Vega 19 Apr '11

19 Apr '11

Bonjour, Je suis nouvelle stagiaire à l'ifremer de Nantes et je teste pour la première fois la "isis fish users list" ! J'ai fais une simulation sans pêche avec une mortalité naturelle nulle pour tester la croissance seule, et mes effectifs diminuent quand même. J'ai donc essayer de faire apparaître le M dans SiMatrix en rajoutant un "log.debug" pour vérifier qu'il est bien à 0 mais il n'apparaît pas dans mon log de simulation. Qu'est ce qui pourrait faire diminuer l'abondance dans les scripts alors qu'il n'y a pas de mortalité naturelle, pas de pêche et pas d'émigration ou d'immigration ? Et pourquoi le M "debugué" n'apparaît pas ? Camille

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Calibrations guidee par un plan d'analyse independent
by Jessica Andre 17 Apr '11

17 Apr '11

Bonjour, J'ai essayé ma calibration avec plusieurs points initiaux pour éviter les minima locaux. Ceci dit ca ne converge pas vers une solution, j'ai probablement besoin d'un nombre plus important de simulations et d'essayer plus de points initiaux. Je pense donc utiliser un super ordinateur qu'on a ici (enfin « super », c'est pas CAPARMOR quand même, un peu moins de ompf...) pour qu'il puisse simultanément lancer mes calibrations. Du point de vue pratique, je m'y prends comment ?! Je suppose que je créer un plan de simulation (AnalysePlanIndependent) qui va attribuer les valeurs initiales pour chacune de mes calibrations. Mais comment je connecte les 2 plan d'analyses ? Si le analysePlanIndependent attribue les valeurs de départ, comment dans mon plan d'analyse de calibration j'appelle ces valeurs de départ ? Je sais faire en -R mais pas en java... Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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