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Suspension Notice
by list.isis-fish.org 25 Aug '25

25 Aug '25

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Jun '25

30 Jun '25

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Restaurer les param d'une simulation : nb of months non restauré
by Sigrid LEHUTA 11 Jun '25

11 Jun '25

Bonjour, isis V4.4.8.1 : j'utilise la fonction tres pratique "Restaurer les paramètres d'une simulation" à partir du parameter.properties. Tout fonctionne bien sauf : - le nb de mois de simus qui reste à 12. - les exports qui ne sont pas tous sélectionnés Peut on corriger ce bug s'il vous plait, merci. Sigrid -- /!\ Boite mail saturée (en cours de nettoyage laborieux) Pour ma santé mentale et l'environnement, merci d'éviter les pièces jointes au maximum. -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins : https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '25

31 Mar '25

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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comment isis peut-il comprendre : fr.ifremer.isisfish.types.Month:0, 1, 10, 11, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ?
by Sigrid LEHUTA 10 Mar '25

10 Mar '25

Bonjour, dans un fichier semantics j'ai cet entete [132,12] Strategy:1_Bretons @ 1_Senne.pelagique_PIL.PIL, .... fr.ifremer.isisfish.types.Month:0,1,10,11,2,3,4,5,6,7,8,9 je ne comprends pas qu'isis parvienne a manipuler le fichier alors que ce ne sont pas des noms d'objet Month qui sont donnés. Il fait le lien entre le MonthNumber et le month automatiquement ? Merci -- /!\ Boite mail saturée (en cours de nettoyage laborieux) Pour ma santé mentale et l'environnement, merci d'éviter les pièces jointes au maximum. -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins : https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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erreur en utilisant foreach sur une queue mpi sur datarmor (parallel::mclapply marche)
by Sigrid LEHUTA 05 Mar '25

05 Mar '25

Bonjour, j'ai eu un problème de parallélisation sur datarmor, ca a fini par marcher mais je ne comprends pas pourquoi ! Si qqn peut m'aider a sortir de mon ignorance sur le fonctionnement de la parallelisation je serai tres reconnaissante car c'est frustrant et pas tres efficace de bricoler comme ça. Merci !!! j'utilise un script R pour lancer des run isis en parallele sur mpi-6 sur datarmor. J'ai 2 méthodes qui sont des copier/coller de codes plus anciens mais j'avoue ne pas trop comprendre comment ils marchent. Le premier c est notre méthode habituelle de calibration et l'autre je l'ai déterré, car le premier ne marchait pas. Quelle difference entre les 2 ? Pourquoi foreach ne marche pas dans ce cas ? *Methode 1 : utilise package foreach, il a tres bien marché pour lancer des LHS jusqu'ici mais là j'ai l'erreur ci-dessous. Ca pourrait être lié à un conflit de package d'après internet...??? Ou alors ils ont changé qqch sur datarmor ? --------------------------------------------------------------------- library(doParallel, include.only = c("registerDoParallel")) # pour éviter d’écraser `makeCluster` library(foreach) cl <- makeCluster(parallel::detectCores()) registerDoParallel(cl) tmp <- foreach(i = simus) %dopar% { # lancer simul nomSimul_i <- sprintf("%s_%04d", Sys.getenv("SIMUL_BASENAME"), i) debug_file <- file.path(Sys.getenv("PBS_O_WORKDIR"),"debugISIS.log") system2("myIsis", args = nomSimul_i, stdout = debug_file, stderr = debug_file) } Error in makeMPIcluster(spec, ...) : MPI cluster of size 167 already running Calls: makeCluster -> makeMPIcluster Execution halted --------------------------------------------------------------------- *Methode 2 : fonctionne avec parallel et la fonction mclapply mais je ne sais pas pourquoi ca marche et pas l'autre. mclapply(seq(0, N_SIM), mc.cores = parallel::detectCores(), function (i){ # lancer simul nomSimul_i <- sprintf("%s_%04d", Sys.getenv("SIMUL_BASENAME"), i) debug_file <- file.path(Sys.getenv("PBS_O_WORKDIR"),"debugISIS.log") system2("myIsis", args = nomSimul_i, stdout = debug_file, stderr = debug_file) }) -- /!\ Boite mail saturée (en cours de nettoyage laborieux) Pour ma santé mentale et l'environnement, merci d'éviter les pièces jointes au maximum. -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins :https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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est ce qu'un plan de simu tourne sur datarmor ?
by Sigrid LEHUTA 28 Feb '25

28 Feb '25

Hello, si je lance sur datarmor une simu preparée en local contenant un plan de simulation. ca va marcher ? Merci -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins : https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '24

31 Dec '24

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Fwd: Rencontre Groupe Utilisateurs du Centre Datarmor (19/11/2024 - 15h)
by Stephanie MAHEVAS 26 Nov '24

26 Nov '24

Bonjour à tous pour les utilisateurs de datarmor, le CR de la dernière réunion datarmor! Pour info, datarmor double ses capacités (d'ici janvier prochain) et va modifier l'arborescence utilisateur (plus de scratch, *bascule physique des zones de stockage datahome, scratch et datawork sur datawork - possibilite de garder scratch sur datawork si besoin mais demande à faire à assistance) - Cette opération durera 1/2j. * *Si j'ai bien compris, cote ISISiens, il faudra simplement penser à changer nos chemins dans pbs.* *a+ * *Stephanie * -------- Message transféré -------- Sujet : Re: Rencontre Groupe Utilisateurs du Centre Datarmor (19/11/2024 - 15h) Date : Mon, 25 Nov 2024 18:12:48 +0100 De : Tristan Le Toullec (via centre.datarmor-utilisateurs Mailing List) <centre.datarmor-utilisateurs(a)listes.ifremer.fr> Répondre à : Tristan Le Toullec <Tristan.Le.Toullec(a)ifremer.fr> Organisation : Ifremer Pour : centre.datarmor-utilisateurs(a)listes.ifremer.fr Bonjour, les présentations et vidéo de la rencontre Groupe Utilisateur sont disponibles. * https://cloud.ifremer.fr/index.php/s/5hh7FQ1MhiANhOE * mot de passe : ahQu4eeQuo2Hae8vohbe Bonne journée, L’équipe Centre Datarmor Le 19/11/2024 à 14:16, Tristan Le Toullec (via centre.datarmor-utilisateurs Mailing List) a écrit : > > Bonjour, mes excuses pour ce mail tardif qui est du à une erreur > d'adresse dans la diffusion initiale. > --- > > Chers Utilisateurs du Centre Datarmor, > > Nous avons le plaisir de vous inviter à la seconde rencontre du > Groupe Utilisateurs du Centre Datarmor, qui se tiendra le _*mardi 19 > novembre de 15h à 16h*_ en visio-conférence. > > Cette rencontre a pour objectif de vous informer sur les dernières > évolutions des infrastructures du Centre Datarmor, ainsi que de > renforcer les liens entre les différents usagers. Ce sera également > une excellente occasion de partager vos expériences, afin que chacun > perfectionne ses connaissances et que nous puissions continuer à > améliorer ensemble l’environnement de calcul. > > Voici l’agenda de cette courte réunion > > * Présentation des évolutions techniques et des fonctionnalités > futures (M. Dequidt) > * Quelques statistiques sur l'usage de Datarmor (A. Le Quere) > * Questions et échanges avec l’équipe > * Présentation "Datarmor pour l'imagerie: des outils collaboratifs > et automatisés " - Marin Marcillat UMR BEEP-LEP > > Nous espérons vivement que vous pourrez vous joindre à nous pour cette > seconde rencontre et contribuer activement à la dynamique de notre > communauté d’utilisateurs. > > Dans l’attente de vous retrouver nombreux lors de cette session, nous > restons à votre disposition pour toute question ou information > complémentaire. > > Ces rencontres suivront un rythme bimestriel, réservez déjà votre > *_mardi 21 janvier 2025 14h00._* > > _Information de connexion visioconférence : > _ > https://ifremer.webex.com/ifremer/j.php?MTID=m2df3b52760acfe3e30cf1b784c49f… > > > Numéro de la réunion : 2742 971 7239 > > Rejoindre par système vidéo > Composer : 27429717239(a)ifremer.webex.com > Vous pouvez également composer 62.109.219.4 et saisir votre numéro de > votre réunion. > > Rejoindre par téléphone > +33-1-7091-8646 France Toll > +44-20-7660-8149 United Kingdom Toll > > Code d'accès : 274 297 17239 > > > L’équipe Centre Datarmor > > -- > Signature-mail-Ifremer > > *Tristan LE TOULLEC * > Administrateur Système HPC > PDG-DGDS-IRSI-RIC > > Ifremer - Centre Bretagne > ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané > Tél. 02 98 22 40 35 > *www.ifremer.fr * <https://wwz.ifremer.fr/> > > Ifremer <https://wwz.ifremer.fr/> > -- Signature-mail-Ifremer *Tristan LE TOULLEC * Administrateur Système HPC PDG-DGDS-IRSI-RIC Ifremer - Centre Bretagne ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Tél. 02 98 22 40 35 *www.ifremer.fr * <https://wwz.ifremer.fr/> Ifremer <https://wwz.ifremer.fr/>

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comment récupérer les facteurs de standardisation des engins dans un script d'export ?
by Sophie LEFORESTIER 14 Nov '24

14 Nov '24

Bonjour, Je suis en train d'écrire un script d'export pour récupérer les facteurs de standardisation des engins mais je ne sais pas comment accéder aux engins sans passer par le SimulationContext. Auriez-vous une petite idée ? En PJ le script d'export. Merci d'avance pour votre aide ! Bonne fin de journée, Sophie

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