- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

modif matrice distribution recrutement
by Sophie LEFORESTIER 06 Sep '19

06 Sep '19

Bonjour, Je souhaite écrire un plan de simulation qui modifie, à chaque simu, la matrice de distribution du recrutement. Pour cela, je pensais créer une matrice (1 dim) à partir de valeurs issues d'un fichier csv et utiliser "setRecruitmentDistribution" pour modifier la base. Pouvez-vous me dire quelle est la ligne de commande à utiliser pour créer une nouvelle matrice à une dimension? Merci d'avance! Sophie

2 1

Impossible de lancer une AS
by Audric Vigier 21 Aug '19

21 Aug '19

Bonjour, À partir d'une simulation qui tourne, je crée une analyse de sensibilité (celle que j'ai faite il y a 2 mois). Au moment de la lancer, ISIS me renvoie le message d'erreur en fin de message, ni l'AS ni aucune simu ne sont créées. J'ai bien vérifié que la config R-ISIS est bonne. Que se passe-t-il? fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get scenarios from calculator at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:527) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.launchSimulationWithSensibility(ParamsHandler.java:396) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.launchSimulation(ParamsHandler.java:356) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:363) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) at com.sun.proxy.$Proxy19.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:466) ... 45 more

1 2

Modifier une matrice résultat
by Baptiste ALGLAVE 02 Aug '19

02 Aug '19

Bonjour, Juste une petite question. Comment fait-on pour modifier une matrice du type AbundanceBeginMonth en cours de simulation. La commande setMatrix() suffit-elle ? Merci, Baptiste

1 0

pb plan de simu
by Sophie LEFORESTIER 02 Aug '19

02 Aug '19

Bonjour, J'ai un problème avec mon plan de simulation qui ne fonctionne pas. D'après le debug, c'est le remplacement de l'équation de reproduction qui pose problème (ci-dessous). Pourriez-vous y jeter un œil ? En PJ la base et le script du plan. Merci! Sophie 2019-08-02 10:15:57,488 WARN [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:533) checkProgression - Simulation exception : fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't evaluate equation at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.catchEvaluateException(EvaluatorHelper.java:288) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getReproductionMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:820) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:458) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:242) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: double recru = 48532;double[] recZone = {0.165,0.835}; at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:89) at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor20.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at org.hibernate.proxy.pojo.javassist.JavassistLazyInitializer.invoke(JavassistLazyInitializer.java:84) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl_$$_jvst7ed_6.evaluate(EquationImpl_$$_jvst7ed_6.java) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getReproductionMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:816) ... 4 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de compiler le script : C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-build\sim_plan_try_2019-08-02-10-15_0\formules\PopulationReproductionEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1519926105564_0_7431388263152165.java at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.compile(EvaluatorHelper.java:353) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.compileAndGetClass(EvaluatorHelper.java:261) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:305) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:74) ... 10 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de compiler le script : -1 at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.compile(EvaluatorHelper.java:350) ... 13 more

2 1

fichiers/dossiers de simu stockés dans AppData\Local\Temp
by Sophie LEFORESTIER 25 Jul '19

25 Jul '19

Re-bonjour Eric, Je me suis aperçue que l'espace sur mon disque C: diminuait à chaque lancement de calibration sur le serveur Datarmor depuis l'interface (sans utiliser calibrar). En effet, des dossiers/fichiers relatifs à chaque simu sont stockés dans "C:\Users\slefores\AppData\Local\Temp" : - un dossier "isisfish-simulation-1545322806149-preparation" par simulation, contenant un dossier "simulators", "data-backup.sql", et le "parameters" de la simu ; - un zip pour chaque simu, contenant toute la définition de la simulation (règles, exports, base...) ; - un fichier ".md5" par simu (ex:sim_calib_etape2_10000combinaisons_2019-07-19-16-43_97026862051049530471432.md5). Puis-je supprimer tous ces documents (sachant que les dossiers de chaque simu en sortie sont stockés sur un disque dur)? Est-ce possible de les enregistrer ailleurs que sur mon disque C:? ou pas du tout s'ils ne sont pas utiles? Merci! Sophie

2 1

lien datahome / datawork
by Sigrid LEHUTA 25 Jul '19

25 Jul '19

Salut Eric, pourrais tu nous donner la marche à suivre pour créer le miroir du isis-fish-4 sur datawork ? A quoi cela sert il ? D'autre part, je ne peux pas ouvrir le isis-fish-4 sur mon datahome, vois tu pourquoi ? je crains que ca ne soit la raison pour laquelle calibrar plante (il ne peut peut etre pas acceder aux resultats ?) Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

2 1

erreur ouverture interface ISIS 4.4.2.5
by Sophie LEFORESTIER 23 Jul '19

23 Jul '19

Bonjour, Je ne parviens pas à ouvrir l'interface d'ISIS 4.4.2.5, le message d'erreur ci-dessous apparaît. Une idée de l'origine du problème? Merci Sophie IsisFish a détecté une erreur : 0 java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 0 at java.beans.XMLDecoder.readObject(Unknown Source) at org.nuiton.widget.SwingSession.loadStates(SwingSession.java:228) at org.nuiton.widget.SwingSession. (SwingSession.java:124) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.lambda$launchUI$1(IsisFish.java:710) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)

2 1

getN()
by Baptiste ALGLAVE 23 Jul '19

23 Jul '19

Bonjour, je me demandais quelle est la matrice que renvoie la fonction getN() : la matrice AbundanceBeginMonth ou bien la matrice Abundance ? Merci, Baptiste.

2 1

équation d'inactivité - rôle des espaces
by Sophie LEFORESTIER 19 Jul '19

19 Jul '19

Bonjour, J'ai modifié une équation d'inactivité dans l'interface d'ISIS (ci-dessous) et je me suis rendue compte qu'ISIS ne tenait pas compte de cette nouvelle équation. Ce n'est qu'après avoir supprimé les espaces qui suivent chaque virgule que ça a fonctionné. Les espaces au sein des équations ont-ils vraiment une influence? double inac[] = {23.2, 21.85, 23.13, 24.5, 26.66, 23.65, 24.21, 23.1, 23.56, 25.29, 24.36, 25.55}; return inac[month.getMonthNumber()]; Merci! Sophie

2 1

erreur en lancant une calibration Calibrar sur datarmor
by Sigrid LEHUTA 18 Jul '19

18 Jul '19

Hello j ai cette erreur en lancant une calib sur datarmor avec la V4.4.2.5. Merci ! Error: A JNI error has occurred, please check your installation and try again Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/nuiton/math/matrix/SemanticMapper at java.lang.Class.getDeclaredMethods0(Native Method) at java.lang.Class.privateGetDeclaredMethods(Class.java:2701) at java.lang.Class.privateGetMethodRecursive(Class.java:3048) at java.lang.Class.getMethod0(Class.java:3018) at java.lang.Class.getMethod(Class.java:1784) at sun.launcher.LauncherHelper.validateMainClass(LauncherHelper.java:544) at sun.launcher.LauncherHelper.checkAndLoadMain(LauncherHelper.java:526) Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: org.nuiton.math.matrix.SemanticMapper at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:381) at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:424) at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:331) at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:357) ... 7 more -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

2 1