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Problèmes dans les simulations
by aricouar 09 May '23

09 May '23

Bonjour Eric, Nous rencontrons des difficultés à faire tourner la base nouvellement paramétrée d'ISIS (base ci-jointe). Lorsque nous lançons la base avec toutes les espèces SAUF Raja_clavata et Leucoraja_naevus (ces espèces-là ont d'autres problèmes), la simulation tourne à première vue normalement mais arrivée au mois décembre 1, la simulation ne progresse plus. On reste à décembre 1 pendant très très longtemps, pourtant ISIS ne renvoie pas d'erreur. Si on regarde le debug (ci-joint), on observe depuis le début de la simulation ce message : 023-05-05 17:36:45,358 INFO [Thread-18] (SubProcessSimulationLauncher.java:284) run - dans un sous processus>2023-05-05 17:36:45,358 WARN [SimThread sim_Ref_MACCO_BoB_NoRaysAllStr_2015to2018_2023-05-05-16-40] (PopulationSeasonInfoImpl.java:516) getMigrationMatrix - Erreur dans la migration, un coef est negatif Nous ne comprenons pas pourquoi des coefficients sont négatifs ni si cela est lié au fait que la simulation ne progresse plus à partir de décembre 1. Un idée ? -- Antoine RICOUARD\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\|/////// PhD student~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~/|\~~~ — @ — ~~~~ FREMER - PDG-RBE-MARBEC-LHM~~~~~~~~~~~~~~/_|_\~~~~/|\~~~~~ Station de Sète - Avenue Jean Monnet~~~~~\___/~~ ~~ ~~ CS 30171 - 34203 Sète Cedex~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ Tel.: 06.48.71.03.95 ~~~~~~~~ ~~~~~~ ~~~~~~~~~ Email: antoine.ricouard(a)ifremer.fr ~~~~~~~

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Re: [Isis-fish-users] *******SPAM******* Re: Import Target Factors
by aricouar 04 May '23

04 May '23

Je ne sais pas s'il a tourné pour tous les métiers mais pour un assez grand nombre et il s'est arrêté au métier qui pose problème : 2023-04-24 14:15:56,045 WARN [AWT-EventQueue-0] (FillTargetFactor_Eric.java:72) setTargetFactor - > metier: O_metier_OTH_Zunique @ Flottilles agrégées-0-10 2023-04-24 14:15:56,045 WARN [AWT-EventQueue-0] (FillTargetFactor_Eric.java:76) setTargetFactor - > species: Nephrops_norvegicus Le 2023-04-24 17:08, Stephanie MAHEVAS a écrit : > il rale mais il a tourné pour tous les metiers ? > > Le 24/04/2023 à 16:48, aricouar a écrit : > > i-joint le debug. Il y a ces erreurs qui apparaissent à la toute fin : > > 2023-04-24 16:39:22,418 ERROR [Finalizer] (TopiaContextImpl.java:880) finalize - TopiaContext org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl@2ed8abb2 was not closed! > 2023-04-24 16:44:02,664 ERROR [Finalizer] (TopiaContextImpl.java:880) finalize - TopiaContext org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl@2b9c410d was not closed! > 2023-04-24 16:44:02,709 ERROR [Finalizer] (TopiaContextImpl.java:880) finalize - TopiaContext org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl@5b753572 was not closed! > > Le 2023-04-24 15:47, Eric Chatellier a écrit : > Ok, dans mon cas, j'ai : > > Caused by: java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:L_1_Zunique @ Fileyeurs exclusifs-10-12 in ... > > Et effectivement, le metier 'L_1_Zunique @ Fileyeurs exclusifs-10-12' n'existe pas dans myTFfile.txt > > As d'autres erreur dans le fichier debug.txt lorsque tu execute le script ? > > Le 24/04/2023 à 15:33, aricouar a écrit : > J'ai repris le tiens directement, que j'ai simplement renommé; Je le joins tout-de-même à ce message. _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users Archives et moteur de recherche: http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/ -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] question java
by Stephanie MAHEVAS 03 May '23

03 May '23

hello Eric je te mets la rule actuelle avec l'algo (dans la partie initialisation de la regle) en explicitant ce que je ne sais pas coder. Merci d'avance de ton aide. on peut s'appeler demain matin. Bonne soirée Stephanie Le 03/05/2023 à 17:48, Stephanie MAHEVAS a écrit : > > Bonjour > > je veux remplir dans l'init d'une règle > > 1 matrice matNbVess de dimension annee, set of vessels avec un > fichier pour chaque annee (0 à 4) qui contient un vecteur au format > semantics des set of vessels > > et 2 matrices matPropVess et matInactivity de dimension annee, > strategie avec un fichier pour chaque annee qui contient un vecteur au > format semantics des strategies > > et 1 matrice de dimension annee, strategie, metier,mois avec un > fichier pour chaque annee-strategie qui contient un vecteur au format > semantics metier x mois > > Peux-tu m'aider ? > > Merci > > Stephanie > > > -- > ...................................................................... > Stephanie MAHEVAS > UMR MARBEC - site de Sète > IFREMER/HM > https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ > > Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 > > o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o > /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ > / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ > ...................................................................... -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Import Target Factors
by aricouar 24 Apr '23

24 Apr '23

Bonjour, Nous sommes encore bloqués avec l'importation des Target Factors. Contrairement à la précédente erreur qui correspondait à des noms de métiers dans la base qui ne correspondaient pas aux noms de métiers dans le fichier à lire, l'erreur actuelle fait intervenir un métier qui est bien présent et dans la base et dans le fichier myTFfile (ci-joint). Ci-joint également le message d'erreur obtenu, le debug et le script d'import. Après plusieurs essais, nous sommes parvenus à la conclusion que le problème se situait à la ligne 76 du script : double tf = matrixTargetFactors.getValue(metier, sp); Il ne parvient pas à récupérer la valeur de la matrice semantics qu'on lui demande de lire. Comment cela se fait-il ? Merci pour votre aide. -- Antoine RICOUARD\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\|/////// PhD student~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~/|\~~~ — @ — ~~~~ FREMER - PDG-RBE-MARBEC-LHM~~~~~~~~~~~~~~/_|_\~~~~/|\~~~~~ Station de Sète - Avenue Jean Monnet~~~~~\___/~~ ~~ ~~ CS 30171 - 34203 Sète Cedex~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ Tel.: 06.48.71.03.95 ~~~~~~~~ ~~~~~~ ~~~~~~~~~ Email: antoine.ricouard(a)ifremer.fr ~~~~~~~

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Importation des TargetFactors
by Antoine RICOUARD 20 Apr '23

20 Apr '23

Bonjour, Je cherche à importer des TargetFactors dans une base de donnée ISIS. J'utilise pour cela un script développé par Anh. Cela ne fonctionne pas. Ci-joint 1) le script java en question, 2) le rapport d'erreur de la dernière évaluation du script, 3) la région zippée que j'utilise. Voyez-vous où se trouve le problème ? Merci. Bonne journée, -- Antoine RICOUARD\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\|/////// PhD student~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~/|\~~~ — @ — ~~~~ FREMER - PDG-RBE-MARBEC-LHM~~~~~~~~~~~~~~/_|_\~~~~/|\~~~~~ Station de Sète - Avenue Jean Monnet~~~~~\___/~~ ~~ ~~ CS 30171 - 34203 Sète Cedex~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ Tel.: 06.48.71.03.95 ~~~~~~~~ ~~~~~~ ~~~~~~~~~ Email: antoine.ricouard(a)ifremer.fr ~~~~~~~

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Import liste depuis un csv dans un script ISIS
by Antoine RICOUARD 05 Apr '23

05 Apr '23

Bonjour, Ci-joint un script nommé 'ImportZoneMetierShapefile_sup12.java' qui sert à importer dans isis un shapefile associé à une zone_métier déjà créée (avec succès). Il s'agit en fait d'un script créé par Anh que j'ai modifié car le nom des shapefiles à importer n'est pas identique aux noms de la zone-métier que nous avons créé. Ces noms ont en effet changé au cours du processus de définition des métiers, si bien qu'ils ne correspondent plus aux noms des shapefiles. Pour y rémédier, je fais correspondre l'ancien et le nouveau nom de zone-métier en important deux listes correspondant aux anciens et nouveaux noms de métiers. Cet import est fait avec une méthode écrite par Anh dans le script 'PTAtoolbox.java' (ci-joint). J'ai utilisé avec succès cette fonction dans un autre script auparavant (pour créer ces zones-metiers) pourtant, il semble que l'utilisation de cette méthode génère à la compilation une erreur que je ne comprends pas : ---------- 1. ERROR in C:\Users\aricouar\Documents\MesProjets_local\ISIS_simul\isis-fish-4\isis-community-database\scripts\ImportZoneMetierShapefile_sup12.java (at line 82) List<String> zoneList_old = PTAtoolbox.readListTxt(myMetierListFile_old); // metiers avec nom format Anh ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Unhandled exception type IOException ---------- 2. ERROR in C:\Users\aricouar\Documents\MesProjets_local\ISIS_simul\isis-fish-4\isis-community-database\scripts\ImportZoneMetierShapefile_sup12.java (at line 83) List<String> zoneList_true = PTAtoolbox.readListTxt(myMetierListFile_true); // metiers avec les noms metier_zone_fleet_isis_import ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Unhandled exception type IOException ---------- 2 problems (2 errors) Comment faire ? Merci pour votre aide. -- Antoine RICOUARD\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\|/////// PhD student~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~/|\~~~ — @ — ~~~~ FREMER - PDG-RBE-MARBEC-LHM~~~~~~~~~~~~~~/_|_\~~~~/|\~~~~~ Station de Sète - Avenue Jean Monnet~~~~~\___/~~ ~~ ~~ CS 30171 - 34203 Sète Cedex~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ Tel.: 06.48.71.03.95 ~~~~~~~~ ~~~~~~ ~~~~~~~~~ Email: antoine.ricouard(a)ifremer.fr ~~~~~~~

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Invitation et inscription - restitution projet MIMI - 12 & 13 avril - au Théâtre Universitaire de Nantes
by Stephanie MAHEVAS 04 Apr '23

04 Apr '23

** *Cher.es toustes,* * Nous avons le plaisir de vous inviter à la restitution du projet MIMI <https://projet-mimi.fr/> (https://projet-mimi.fr/) un projet IFREMER art/science/société inédit, *le 12 avril ****de 9h30 à 19h45* *au Théâtre Universitaire de Nantes* (sur le campus universitaire, TU-Nantes, Chemin de la Censive du Tertre, 44300 Nantes). Il s’agit d’une grande journée “Pêche, Imaginaire et Incertitude” conviviale et pleine de surprises mêlant science et art. Le 13 avril de 18h à 19h45, 2 des performances artistiques seront à nouveau présentées au TU-Nantes Le programme précis de la journée, incluant les 5 performances artistiques, un atelier décalé et une émission de radio, est détaillé dans le flyer ci-joint. Nous vous remercions de remplir votre fiche d’inscription *avant le 5 avril *: **https://questionnaires.univ-nantes.fr/index.php/738247?lang=fr <https://questionnaires.univ-nantes.fr/index.php/738247?lang=fr> ** l’inscription est gratuite mais indispensable pour le repas et les pauses. La soirée se poursuivra au TU-Nantes pour ceux qui le souhaitent avec le spectacle Mer Plastique du chorégraphe Tidiani N'Diaye (réservation https://tunantes.fr) En espérant vous retrouver nombreuses et nombreux pour cette belle journée, Stéphanie Mahévas et Sophie Pardo pour l'équipe du projet MIMI * ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '23

31 Mar '23

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Nouvel export de TAC à partir d'une règle
by Antoine RICOUARD 14 Mar '23

14 Mar '23

Bonjour, Ci-joint une règle qui est une version légèremment modifiée de la règle d'Audric Vigier 'OgiveDeTriMerluRetentionTACAllTransitionMSY_reduceE_varsAnn_catchCorrTACHISTO_Corr'. Entre autres choses, cette règle calcule les TAC pour trois espèces et les stocke dans trois variables nommées 'TACvalue', 'TACvalueSole' et 'TACvalueLang' respectivement. Je cherche à exporter ces TAC en tant que résultat de la simulation (un fichier .csv dans resultExports donnant le TAC de chaque espèce par année). Pour cela, j'ai : 1) défini une nouvelle variable : 'protected MatrixND TacPopMatrix;' (l. 161) 2) ajouté 'ResultName.MATRIX_TAC_PER_POP' dans 'necessary results' (l. 170) 3) ajouté ces lignes de commande pour l'export (l. 931-937): TacPopMatrix = MatrixFactory.getInstance().create( ResultName.MATRIX_TAC_PER_POP, new List[] { Arrays.asList(new String[]{"TAChake","TACsole","TACnep"})}); TacPopMatrix.setValue("TAChake", TACvalue); TacPopMatrix.setValue("TACsole", TACvalueSole); TacPopMatrix.setValue("TACnep", TACvalueLang); matResult.addResult(year, TacPopMatrix); La règle ne compile plus. La première erreur à apparaître est : ERROR in C:\Users\aricouar\Documents\MesProjets_local\ISIS_simul\isis-fish-4\isis-community-database\rules\TALTACmanagement_MSYtransition.java (at line 170) ResultName.MATRIX_TAC_PER_POP, ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MATRIX_TAC_PER_POP cannot be resolved or is not a field Que se passe-t-il ? Je suppose que l'étape suivante pour parvenir à mon objectif est de créer un nouveau script export sur le modèle de ceux qui existent déjà. Y a-t-il autre chose que j'oublie ? Merci de votre aide ! -- Antoine RICOUARD\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\|/////// PhD student~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~/|\~~~ — @ — ~~~~ FREMER - PDG-RBE-MARBEC-LHM~~~~~~~~~~~~~~/_|_\~~~~/|\~~~~~ Station de Sète - Avenue Jean Monnet~~~~~\___/~~ ~~ ~~ CS 30171 - 34203 Sète Cedex~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ Tel.: 06.48.71.03.95 ~~~~~~~~ ~~~~~~ ~~~~~~~~~ Email: antoine.ricouard(a)ifremer.fr ~~~~~~~

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ouverture V4.5
by Sigrid LEHUTA 22 Feb '23

22 Feb '23

Salut Eric, on essaie d avancer sur la validation de la 4.5 mais je n ai as reussi a l ouvrir. Une idee du pb ? Merci java.lang.reflect.InaccessibleObjectException: Unable to make field private transient int javax.swing.text.AbstractDocument.numReaders accessible: module java.desktop does not "opens javax.swing.text" to unnamed module @52aa2946 at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.checkCanSetAccessible(AccessibleObject.java:354) at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.checkCanSetAccessible(AccessibleObject.java:297) at java.base/java.lang.reflect.Field.checkCanSetAccessible(Field.java:178) at java.base/java.lang.reflect.Field.setAccessible(Field.java:172) at jaxx.runtime.SwingUtil.setText(SwingUtil.java:158) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.$completeSetup(ParamsUI.java:702) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.$initialize(ParamsUI.java:818) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI. (ParamsUI.java:163) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.createParamsUI(SimulUI.java:280) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.$initialize(SimulUI.java:334) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI. (SimulUI.java:104) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:370) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:408) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI. (WelcomeTabUI.java:101) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.afterInit(WelcomeHandler.java:93) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:93) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:557) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:709) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI. (WelcomeUI.java:139) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.lambda$launchUI$1(IsisFish.java:690) at java.desktop/java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:318) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:771) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:722) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:716) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:399) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:86) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:741) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90) -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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