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recuperer un fichier sur caparmor ?
by Sigrid LEHUTA 23 Oct '09

23 Oct '09

hello je m apprete a lancer plusieurs calibration sur caparmor et j ai des questions pratiques : - quand les REGLES DE GESTION utilisent des fichiers, il faut les envoyer a caparmor ? si oui c est bien cette commande : scp -r /cygdrive/c/ISIS-FISH/isis-fish-3.2.0.6/Inputs_Anchois slehuta@caparmor: ? (je suis desolee je crois avoir deja posé la question, je vais noter) - le script de calibration crée un fichier d'export qui est placé à la racine d'isis dans Inputs_Anchois/Calibration comment puis-je le recuperer ? - enfin est ce que je peux lancer plusieurs calibration en meme temps ? et modifier la base pendant le deroulement du plan sans changer la base sur laquelle le plan s execute ? Merci d avance de vos réponses Sigrid -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Analyse de sensibilité
by chirine HUSSEIN 21 Oct '09

21 Oct '09

Bonjour à tous, Concernant l’analyse de sensibilité en utilisant la méthode de Morris ou la méthode de Optimum Latin Hypercube, comment je peux savoir à quelles modalités des facteurs correspondent les résultats des sorties des diverses simulations. Au final, je cherche à savoir quel est le facteur le plus sensible au modèle. En vous remerciant Chirine __________________________________________________ Do You Yahoo!? En finir avec le spam? Yahoo! Mail vous offre la meilleure protection possible contre les messages non sollicités http://mail.yahoo.fr Yahoo! Mail

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Isis-Fish 3.2.0.8 est disponible.
by Eric Chatellier 20 Oct '09

20 Oct '09

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cette version corrige un problème de fonctionnement des équations présent seulement dans la version 3.2.0.7. Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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equation de mortalité non modifiée par le plan d analyse
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 20 Oct '09

20 Oct '09

bonjour, j ai un probleme étrange : j ai un plan de simulation (ci-joint) qui doit modifier a chaque simu l equation de mortalité naturelle... enfin en théorie car dans les logs ou je fais afficher l equation a chaque fois, c'est l ancienne equation qui est affichée. par contre l equation est modifiée puisqu en rechargeant les bases depuis les simulations j ai bien une equation différente a chaque fois mais les resultats de simulation sont tous exactement identiques ! j y comprends rien !!! merci d avance de votre aide

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error lancement plansur une base V3.1.3
by Sigrid LEHUTA 16 Oct '09

16 Oct '09

Hello, j'ai importée une base depuis une simu ayant tournée en V3.1.3. et j essai de faire tourner un plan sur cette base (un vieux que j ai remis a jour) les simus ne démarrent pas et je ne voit pas d ou vient l'erreur. Il y a une histoire de svn mais juré je ne l ai pas effacé du dossier simulations... Avez vous une idée ? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123) INFO [main] (IsisFish.java:218) init - Starting Isis-Fish with args : [] INFO [main] (IsisFish.java:223) init - 16/10/09 14:06 Java version: 1.6.0_13-b03 Isis-fish version: 3.2.0.7 INFO [main] (ApplicationConfig.java:900) parse - Chargement du fichier de config: C:\Documents and Settings\slehuta\.isis-config-3 INFO [main] (IsisConfig.java:852) parse - Check configuration change INFO [main] (IsisConfig.java:873) parse - Config file migration done INFO [main] (Resource.java:351) getURLs - search URLs pattern: .*i18n/.+\.properties in 6 urls in 220,843ms INFO [main] (I18nLoader.java:157) init - 6 bundle(s) found, [12 file(s)] in 3,579ms INFO [main] (I18nLoader.java:225) addLanguage - Language <locale: fr_FR,nbStences:1222>, nbEntries: 6, nbSentences: 1222 in 15,108ms INFO [main] (IsisFish.java:335) initVCS - Check state of local repository: C:\Documents and Settings\slehuta\isis-database-3 INFO [main] (VCSSVN.java:126) getSVNManager - Try to connect to svn://labs.libre-entreprise.org/svnroot/isis-fish-data INFO [main] (VCSSVN.java:214) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : svn://labs.libre-entreprise.org/svnroot/isis-fish-data/ WARN [main] (IsisFish.java:133) main - Error during vcs initialisation fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSException: Impossible de déverrouiller la copie locale at fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.cleanup(VCSSVN.java:410) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.initVCS(IsisFish.java:411) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:131) Caused by: org.tmatesoft.svn.core.SVNException: svn: 'C:\Documents and Settings\slehuta\isis-database-3' is not a working copy svn: Cannot read from 'C:\Documents and Settings\slehuta\isis-database-3\.svn\format': C:\Documents and Settings\slehuta\isis-database-3\.svn\format (Le fichier spécifié est introuvable) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:64) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.admin.SVNAdminAreaFactory.open(SVNAdminAreaFactory.java:149) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.admin.SVNWCAccess.doOpen(SVNWCAccess.java:355) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.admin.SVNWCAccess.open(SVNWCAccess.java:263) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.admin.SVNWCAccess.open(SVNWCAccess.java:256) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNWCClient.doCleanup(SVNWCClient.java:506) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNWCClient.doCleanup(SVNWCClient.java:465) at fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.cleanup(VCSSVN.java:408) ... 2 more INFO [main] (IsisFish.java:137) main - after init done in 1.625. INFO [main] (SimulationExecutor.java:72) <init> - SimulationExecutor started with 2 thread for dans un sous processus INFO [main] (SimulationExecutor.java:72) <init> - SimulationExecutor started with 1 thread for sur le serveur Caparmor INFO [main] (SimulationExecutor.java:72) <init> - SimulationExecutor started with 1 thread for dans le même processus INFO [main] (IsisTray.java:110) getInstance - Use system tray: fr.ifremer.isisfish.IsisTray$AWTSystemTray INFO [main] (Editor.java:120) addEditor - Can't find your editor class: org.codelutin.widget.editor.SDocEditor INFO [main] (Editor.java:120) addEditor - Can't find your editor class: org.codelutin.widget.editor.JEditEditor INFO [AWT-EventQueue-0] (RegionStorage.java:220) getRegion - Try to open region RegArticleICES(C:\Documents and Settings\slehuta\isis-database-3\regions\RegArticleICES) INFO [AWT-EventQueue-0] (DataStorage.java:209) getStorage - Create new storage for RegArticleICES INFO [AWT-EventQueue-0] (TopiaContextImpl.java:217) loadServices - Service topia.service.migration loaded by org.codelutin.topia.migration.TopiaMigrationServiceImpl INFO [AWT-EventQueue-0] (MigrationServiceImpl.java:214) migrateSchema - Starting Topia Migration Service INFO [AWT-EventQueue-0] (MigrationServiceImpl.java:240) migrateSchema - Application version : 3.2, database version : 3.2 INFO [AWT-EventQueue-0] (Resource.java:351) getURLs - search URLs pattern: .*oldmappings/IsisFish/3.2/.*\.hbm\.xml in 92 urls in 2,13s INFO [AWT-EventQueue-0] (MigrationServiceImpl.java:274) migrateSchema - Database is up to date, no migration needed. 10-16 14:06:32 jdbc[3]: Connection not closed INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:192) setText - backup database en cours INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:192) setText - backup database terminé INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:192) setText - Converting file to unicode parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII parsing for html-charset/xml-encoding attribute with codepage: US-ASCII INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:192) setText - Scripts and rules Compilation INFO [AWT-EventQueue-0] (SimulationControl.java:192) setText - Temps de compilation 1.024s INFO [pool-1-thread-1] (SimulationStorage.java:693) importAndRenameZip - Import simulation file C:\DOCUME~1\slehuta\LOCALS~1\Temp\isisfish-simulation-1255694864621-preparation.zip in directory C:\DOCUME~1\slehuta\LOCALS~1\Temp\isisfish-simulation-1255694866387-preparation and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_SAAnchoisArticleICES_2009-10-16-14-07_0/$1 INFO [pool-1-thread-1] (SimulationStorage.java:700) importAndRenameZip - Last entry was sim_SAAnchoisArticleICES_2009-10-16-14-07_0/simulators/DefaultSimulator.java extract name sim_SAAnchoisArticleICES_2009-10-16-14-07_0 INFO [pool-1-thread-1] (DataStorage.java:209) getStorage - Create new storage for sim_SAAnchoisArticleICES_2009-10-16-14-07_0 INFO [pool-1-thread-1] (TopiaContextImpl.java:217) loadServices - Service topia.service.migration loaded by org.codelutin.topia.migration.TopiaMigrationServiceImpl INFO [pool-1-thread-1] (MigrationServiceImpl.java:214) migrateSchema - Starting Topia Migration Service 10-16 14:07:46 jdbc[2]: SQLException ERROR [pool-1-thread-1] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Table TMS_VERSION not found; SQL statement: select this_.version as version133_0_ from tms_version this_ [42102-118] INFO [pool-1-thread-1] (MigrationServiceImpl.java:237) migrateSchema - Database version not found, so database schema is considered as V0 INFO [pool-1-thread-1] (MigrationServiceImpl.java:240) migrateSchema - Application version : 3.2, database version : 0 INFO [pool-1-thread-1] (Resource.java:351) getURLs - search URLs pattern: .*oldmappings/IsisFish/0/.*\.hbm\.xml in 92 urls in 2,094s INFO [pool-1-thread-1] (MigrationServiceImpl.java:274) migrateSchema - Database is up to date, no migration needed. 10-16 14:07:49 jdbc[3]: Connection not closed INFO [pool-1-thread-1] (TopiaMigrationServiceImpl.java:289) postRestoreSchema - postRestoreSchema event detected, redo, schema migration INFO [pool-1-thread-1] (MigrationServiceImpl.java:214) migrateSchema - Starting Topia Migration Service INFO [pool-1-thread-1] (MigrationServiceImpl.java:240) migrateSchema - Application version : 3.2, database version : 3.2 INFO [pool-1-thread-1] (Resource.java:351) getURLs - search URLs pattern: .*oldmappings/IsisFish/3.2/.*\.hbm\.xml in 92 urls in 2,1s INFO [pool-1-thread-1] (MigrationServiceImpl.java:274) migrateSchema - Database is up to date, no migration needed. 10-16 14:07:53 jdbc[4]: Connection not closed

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Traduction du wiki - wiki translation
by Jean Couteau 15 Oct '09

15 Oct '09

Bonjour à tous, afin de rendre ISIS accessible a plus de monde, j'ai commencé à traduire quelques pages du wiki en anglais. Les pages traduites sont : - Présentation - Télécharger - Publications - Projets de recherche - Contact-Assistance - la page Licence est déjà en anglais La documentation utilisateur sera traduite plus tard Si vous souhaitez accéder aux pages anglaises, il faut se rendre sur la page française et cliquer sur le lien English, une fois sur la page anglaise, vous pouvez revenir à la page française par le lien French. Le menu sera accessible plus tard en version multilingue ------------------------------------------------------------------------ Hi users, to make ISIS-Fish available to more users, I started to translate some wiki pages in english. The translated pages are : - Présentation - Presentation - Télécharger - Download - Publications - Publications - Projets de recherche - Research projects - Contact-Assistance - Contact-Help - the Licence page is already in english The user documentation will be available later. If you want to reach the english pages, you need to go to the french page and click on the 'English' link, once on the english page you can come back to the French page using the French link. The menu will be available later in english. Jean

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souci nouvelle version
by chirine HUSSEIN 14 Oct '09

14 Oct '09

Bonjour tout le monde, Petit souci ISIS-Fish nouvelle version. J’ai relancé mon plan de simulation dans un sous processus, ISIS a fini 10 pour l’instance, la durée de chaque simulation varie entre 5mn et 10 mn, mais le problème est : au départ j’ai 30 règles de gestions, cependant il a doublé le nombre des regels sans aucune modifications des paramètres des simulations, et les simulations tournent maintenant avec 60 règles !!!! Est-ce que ça normal ????? Pour l’analyse de la sensibilité, j’ai fais un petit essai de lancer un analyse de sensibilité (sur un autre ordi) j’ai entré toutes les paramètres demandé (avec l’aide des documentation de WIKI), mais dès que je lance les simus de l’analyse, ISIS se ferme toute de suit ???!!! Est-ce que qqun a déjà eu ces soucis? Merci bien pour l’avance chirine

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autorisation d'utiliser Caparmor
by chirine HUSSEIN 13 Oct '09

13 Oct '09

Bonjour à tous, Afin d'effectuer les simulations sur Caparmor pour , je voudrais savoir comment je peux avoir l'autorisation d'utiliser Caparmor? merci bien chirine __________________________________________________ Do You Yahoo!? En finir avec le spam? Yahoo! Mail vous offre la meilleure protection possible contre les messages non sollicités http://mail.yahoo.fr Yahoo! Mail

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Attention à l'utilisation de context dans les plans d'analyse
by Sigrid LEHUTA 02 Oct '09

02 Oct '09

Bonjour à tous, nous venons de réaliser une ambiguïté facheuse lorsqu'on utilise des plans d'analyse : En effet, il ne faut pas confondre le context du plan auquel on accède par l'objet context et le context de la simulation en cours auquel on accède par les objets nextSimulation dans le before simulation et lastSimulation dans le afterSimulation le plan c est en fait la simulation qui s'affiche mais ne se deroule pas dans l'interface de queue de simulation, il gere toutes les autres (c'est lui qui execute le script du plan d'analyse, les simus elles, elles savent pas qu'elles font partie d'un lot !) et le numero qui apparait dans la colonne plan c est le nombre de simulations qu il a finit de preparer pour ce plan et qui seront lancées des que possible. les simus en elles memes apparaissent en dessous du plan elles s'appellent masimu_0, masimu_1 etc et on les voit se dérouler donc par exemple pour connaitre le numero de la simu en cours dans before simulation on utilise : nextSimulation.getParameter().getAnalysePlanNumber(); Si on veut reccuperer les resultats d'une simu (par exemple la premiere) et qu on est en train de faire la trentieme on utilise : context.getSimulation(0); Voilà c'est sur le wiki pour le plus amples infos -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Isis-Fish 3.2.0.7 est disponible.
by Eric Chatellier 28 Sep '09

28 Sep '09

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Pour les utilisateurs utilisant déjà la banches 3.2, il n'est pas nécessaire d'effectuer la migration des scripts. Cependant, pour les utilisateurs utilisant toujours la version 3.1, merci de vous référer au précédent mail décrivant la migration. Cette version corrige principalement : * quelques problèmes avec les interfaces de saisie et de simulation * les plans d'analyse * l'utilisation de Caparmor Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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