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datarmor job
by Sigrid LEHUTA Feb. 20, 2024

Feb. 20, 2024

hello, j ai lancé un job sur datarmor (LHS) mais il semble qu il soit arreté depuis 8h ce matin j ai eu ce mail enigmatique à 8h35, et depuis aucune nouvelle simu n'a tourné mais le log R ne donne pas d'erreur ni de message de fin d’exécution et il n y a pas de message d erreur PBS non plus. PBS Job Id: 8543569.datarmor0 Job Name: ISIS_DEFIPEL_search_LHS_q_tarEsp_pil Job to be deleted at request ofroot(a)r1i5n26.ib0.ice.ifremer.fr Savez vous ce qui peut se passer ? je suis en attente ? comment savoir ? Merci ! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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V4.4.8.0 sur datarmor ?
by slehuta Feb. 16, 2024

Feb. 16, 2024

Hello, est ce que la derniere version d isis est sur datarmor (/home3/datahome/echatell/isis-fish-4.4.7/isis-fish-4.4.8.0.jar), il a pas l'air de la trouver ? Sinon option 1 : peux tu la mettre ? option 2 : s'il vaut mieux rester sur la 4.4.7.?, est ce qu'une simu préparée aveec la 4.4.8.0 pourra etre relancée par la 4.4.7.? Merci

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Infos sur calibrar
by Sigrid LEHUTA Feb. 15, 2024

Feb. 15, 2024

Réponse de Ricardo au sujet des méthodes de calibrar qu'il est possible de faire tourner avec des simu en parallel, ce qui n etait pas le cas de CMA-ES (question postée en 2020...). Donc tjs pas CMA-ES mais apparemment pas mal d'autres. Je comprends qu'il faut notamment tester RvMMin (qui a en plus la fonction restart si ca s'arrete avant convergeance a cause des limites de temps de datarmor). J'essaie bientot -------- Message transféré -------- Sujet : Re: [roliveros-ramos/calibrar] CMAES does not run in parallel (#5) Date : Wed, 14 Feb 2024 14:30:59 -0800 De : Ricardo Oliveros-Ramos <notifications(a)github.com> Répondre à : roliveros-ramos/calibrar <reply+AN2EK64VFSBCGSET7V5DCDOD3JY2HEVBNHHB62XHG4(a)reply.github.com> Pour : roliveros-ramos/calibrar <calibrar(a)noreply.github.com> Copie à : slehuta <slehuta(a)ifremer.fr>, Author <author(a)noreply.github.com> The last version of the package allows to read/write to the disk for all 19 methods currently implemented (so it always creates the appropiate i0, i1, ..., in folders needed to try different solutions). For clusters with schedulers like DATARMOR, the method 'Rvmmin' also has the restart functionality. This method uses derivatives, so can be used with deterministic models and in those cases should be way faster than AHR-ES, that was developed for stochastic models. We are not planning anymore to modify the code of CMA-ES so it can be run in parallel, but many other methods do provide the functionality and are included in the package. — Reply to this email directly, view it on GitHub <https://github.com/roliveros-ramos/calibrar/issues/5#issuecomment-1944842020>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AN2EK66XLWF6BMPLH6OOF53YT…>. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: <roliveros-ramos/calibrar/issues/5/1944842020(a)github.com>

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erreur lancement ISIS sur datarmor
by Stephanie MAHEVAS Feb. 14, 2024

Feb. 14, 2024

Salut Eric j'ai un message que je ne comprends quand je lance un job sur datarmor avec le fichier pbs ci-joint -bash: /var/spool/PBS/mom_priv/jobs/8472498.datarmor0.SC: /bin/bash^M: bad interpreter: No such file or directory le meme lancement ne pose pas de pb quand Antoine le lance as-tu une idee ? Merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Import d'une région dans une autre
by Louis MAILLARD Feb. 12, 2024

Feb. 12, 2024

Bonjour Eric, tu trouveras ci-joint les bases que j'essaye de merger, ainsi que mon script. Merci beaucoup pour ton aide! Bonne journée. Cordialement, Louis Maillard.

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check script zone
by Sigrid LEHUTA Feb. 9, 2024

Feb. 9, 2024

Bonjour Eric, j'ai écrit ce script pour agrandir une zone existante en prenant des cellules dans un shapefile. Il est possible que certaines cellules du shape appartiennent deja a la zone existante, cela pose t'il un probleme? j ai mis plusieurs options de code a la fin, peux tu regarder ce qui est suceptible de marcher ? Merci ! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Import d'une région dans une autre
by Louis MAILLARD Feb. 9, 2024

Feb. 9, 2024

Bonjour Eric, je suis actuellement en train d'importer à la main une région en format Json dans une autre région. Au moment d'importer des stratégies j'ai selectionné "créer" car les stratégies ne sont pas présentes dans la première région, mais l'import s'arrête et me donne les détails ci dessous. As tu une idée de ce qui n'a pas fonctionné ? Merci d'avance pour ton aide! Bonne journée. Louis Maillard. java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at jdk.proxy1/jdk.proxy1.$Proxy20.actionPerformed(Unknown Source) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1972) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2314) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:407) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:262) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.doClick(AbstractButton.java:374) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(BasicMenuItemUI.java:1029) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(BasicMenuItemUI.java:1073) at java.desktop/java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6621) at java.desktop/javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3398) at java.desktop/java.awt.Component.processEvent(Component.java:6386) at java.desktop/java.awt.Container.processEvent(Container.java:2266) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4996) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2324) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4828) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4948) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4575) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4516) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2310) at java.desktop/java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2780) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4828) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:775) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:720) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:714) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:400) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:87) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:98) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:747) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:745) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:400) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:87) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:744) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:118) at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:580) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 38 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't import region at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importEntityJson(InputHandler.java:533) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__menuImportJson(InputUI.java:267) at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:103) ... 40 more Caused by: java.lang.RuntimeException: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't instanciate entity: fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson.getEntities(RegionImportJson.java:146) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importEntityJson(InputHandler.java:513) ... 42 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't instanciate entity: fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.convertJsonToEntity(RegionImportJson.java:198) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.ask(RegionImportJson.java:245) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.loadEntity(RegionImportJson.java:176) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson.getEntities(RegionImportJson.java:138) ... 43 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't set property 'inactivityEquationUsed' from json value: 'true' at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.visit(RegionImportJson.java:318) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyAbstract.accept0(StrategyAbstract.java:73) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyAbstract.accept(StrategyAbstract.java:65) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.convertJsonToEntity(RegionImportJson.java:196) ... 46 more Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:115) at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:580) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.invokeMethod(PropertyUtilsBean.java:2128) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.setSimpleProperty(PropertyUtilsBean.java:2109) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.setNestedProperty(PropertyUtilsBean.java:1915) at org.apache.commons.beanutils.PropertyUtilsBean.setProperty(PropertyUtilsBean.java:2022) at org.apache.commons.beanutils.BeanUtilsBean.setProperty(BeanUtilsBean.java:1018) at org.apache.commons.beanutils.BeanUtils.setProperty(BeanUtils.java:454) at fr.ifremer.isisfish.entities.RegionImportJson$RegionVisitor.visit(RegionImportJson.java:316) ... 49 more Caused by: java.lang.NullPointerException: Cannot invoke "org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImplementor.getDAO(java.lang.Class, java.lang.Class)" because "ci" is null at fr.ifremer.isisfish.IsisFishDAOHelper.getStrategyMonthInfoDAO(IsisFishDAOHelper.java:349) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl.getStrategyMonthInfo(StrategyImpl.java:120) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl.computeNumberOfTrips(StrategyImpl.java:192) at fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyImpl.setInactivityEquationUsed(StrategyImpl.java:188) at java.base/jdk.internal.reflect.DirectMethodHandleAccessor.invoke(DirectMethodHandleAccessor.java:103) ... 57 more

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Problème datarmor
by aricouar Feb. 6, 2024

Feb. 6, 2024

Bonjour Eric, J'ai voulu relancer aujourd'hui un job sur datarmor via un qsub. Ce job avait déjà tourné quasiment à l'identique et sans problème il y a quelques semaines. J'obtiens maintenant cette erreur dans le debug ISIS de chaque simulation : "sh: /home3/datahome/echatell/jdk17/bin/java: Permission denied" Apparemment, il n'arrive pas à accéder à java sur ton repertoire dans datarmor. Peux-tu m'expliquer pourquoi ? Ci-joint le script .pbs impliqué. Merci. Antoine

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JDK 21 et java 17
by Stephanie MAHEVAS Feb. 5, 2024

Feb. 5, 2024

hello les lutins JDK 21 et java 17 sont ok pour les dernières versions d'ISIS ? merci a+ Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Scripts de suppression de flottille et de stratégie
by Louis MAILLARD Jan. 29, 2024

Jan. 29, 2024

Bonjour, Étant novice dans Isis, ce que je cherche à faire vous paraitra peut être simple, mais je n'ai pas trouvé la solution. Je souhaite créer un script pour importer puis modifier ma base de donnée en supprimant des flottilles et des stratégies avec une condition sur leurs noms (par exemple toutes celles qui comprennent le mot "demersaux" ou "dragueurs") puis exporter la nouvelle base filtrée en JSON, pour enfin la réimporter dans une autre base. J'ai commencé un premier script mais il ne fonctionne pas. Merci d'avance pour votre aide. Cordialement, Louis.

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